주식의 포괄적 교환 과세이연은 인수자가 2년 전에 산 지분에서 깨집니다 — 교환대가의 80%를 주식으로 줘도 완전모회사가 교환일 전 2년 안에 사둔 주식이 있으면 그 취득가액은 현금을 준 것으로 계산되고, 요건은 계약서를 쓰기 전에 이미 깨져 있습니다

상장사가 비상장 스타트업의 지분 100%를 자기 주식으로 사 갑니다. 현금은 한 푼도 오가지 않고, 매도주주는 양도소득세를 그 주식을 팔 때까지 미룰 수 있다고 들었습니다. 그런데 그 인수자가 2년 전 시리즈B에 참여해 지분 30%를 이미 현금으로 사 두었다면, 세법은 그 취득가액을 이번에 현금으로 준 것으로 보아 계산에 집어넣습니다.

요건 세 개가 전부 ‘그 사업연도 종료일’에서 끝난다

조세특례제한법 제38조 제1항이 정한 세 요건입니다.

1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.
2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

2호와 3호의 만료일은 ‘교환 후 1년’이 아니라 그 사업연도의 종료일입니다. 12월 결산법인이 3월에 교환하면 열 달을 지켜야 하고, 12월 중순에 교환하면 보름만 지키면 됩니다. 같은 거래인데 요건을 견뎌야 하는 기간이 다릅니다.

‘사업을 계속’의 판정선도 시행령에 숫자로 박혀 있습니다. 조특법 시행령 제35조의2 제8항은 완전자회사가 교환일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업을 폐지한 것으로 봅니다. 인수 직후 중복 설비를 정리하거나 사업을 접고 인력만 흡수하는 이른바 애크하이어(acqui-hire) 구조가 여기 걸립니다. 인수자가 “어차피 우리 라인으로 통합할 건데”라고 말하는 순간, 그 통합이 매도주주의 세금을 앞당깁니다.

1호의 ‘내국법인 간’은 문언 그대로입니다. 완전모회사가 외국법인이면 이 문은 처음부터 닫혀 있습니다. 플립처럼 해외 지주회사를 세워 국내 법인을 그 자회사로 편입하는 구조가 이 조문으로 구제되지 않는 이유이고, 그 경로는 플립 편에서 따로 다뤘습니다.

80%는 이번에 준 것만으로 세지 않는다

여기가 이 조문의 실제 관문입니다. 조특법 시행령 제35조의2 제5항입니다.

법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다.

1. 완전모회사가 (…) 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액
2. 완전모회사가 (…) 지배주주인 경우: 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액

‘지배주주’는 법인세법 시행령 제43조 제7항의 정의를 빌려 옵니다 — 발행주식총수의 1% 이상을 소유한 주주로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 지분 합계가 주주 중 가장 많은 경우의 그 주주입니다.

숫자를 넣어 보겠습니다. 완전모회사 B가 교환일 전 2년 안에 완전자회사 A의 지분 30%를 현금 150억원에 취득해 두었고(균등 단가 가정), 이번에 나머지 70%를 B 신주 350억원어치로 교환한다고 하겠습니다.

• B가 A의 지배주주가 아니었던 경우: 20%를 초과하는 10%포인트분의 취득가액 50억원만 금전으로 의제됩니다. 교환대가 총합계액은 400억원, 주식 비율은 350/400 = 87.5%. 요건을 통과합니다.
• B가 A의 지배주주였던 경우: 2년 내 취득분 전액 150억원이 금전으로 의제됩니다. 총합계액은 500억원, 주식 비율은 350/500 = 70.0%. 80% 선이 무너집니다.

바뀐 것은 이번 거래에서 지불한 대가가 아니라 2년 전에 이미 지나간 거래입니다. 그 사이에 매도주주가 할 수 있었던 일은 없습니다.

이 규정이 왜 있는지는 분명합니다. 적격합병에서 합병포합주식을 금전 교부로 보는 법인세법 시행령 제80조의2 제3항과 틀이 같습니다(2년, 20%, 지배주주 여부로 나누는 구조가 같고, 더하는 금액만 다릅니다. 합병은 포합주식에 교부한 합병교부주식의 가액을, 주식교환은 사전취득 주식의 취득가액을 더합니다). 지분을 현금으로 미리 사 모은 뒤 남은 부분만 주식으로 바꿔 요건을 맞추는 우회를 막는 장치입니다.

문제는 스타트업 인수가 대부분 그 우회처럼 생겼다는 데 있습니다. 대기업 CVC나 전략적 투자자가 시리즈A·B에 현금으로 참여하고, 몇 년 뒤 나머지 지분을 주식교환으로 가져가는 경로는 우회 의도가 아니라 표준 시나리오입니다. 그런데 조문은 의도를 묻지 않고 날짜와 비율만 봅니다.

인수자가 마지막으로 현금을 주고 지분을 산 날에, 과세이연 시계가 하나 더 켜집니다. 그날부터 2년이 지나야 이 규정이 작동을 멈춥니다.

실무에서 다룰 수 있는 변수는 결국 두 개입니다. 마지막 현금 취득일로부터 2년이 지난 뒤에 교환하거나, 사전취득 지분이 발행주식총수의 20% 이하이면서 인수자가 지배주주가 아닌 상태를 유지하는 것입니다. 텀시트 단계에서 인수자의 기존 지분 취득 이력을 날짜와 금액으로 받아 두는 것이 이 계산의 출발점입니다. 무엇을 사는가(지분이냐 사업이냐)를 정하는 문제는 주식양수도 영업양수도 세금차이에서 다뤘는데, 이 편은 그 앞단의 질문입니다 — 무엇으로 사는가.

주식을 80% 넘게 줘도, 누구에게 줬는지를 다시 본다

법 제38조 제1항 제2호를 다시 읽으면 “80% 이상”과 나란히 “그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고”가 붙어 있습니다. 총액만 맞추면 되는 게 아닙니다.

시행령 제35조의2 제7항이 그 배정 기준입니다.

완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 [완전모회사가 교환ㆍ이전대가로 지급한 완전모회사등주식의 총합계액 × 해당 주주의 완전자회사에 대한 지분비율] 이상의 완전모회사등주식을 교부하여야 한다.

여기서 말하는 ‘제6항에 따른 주주’는 완전자회사의 지배주주등(특수관계인 포함) 중 두 부류를 뺀 나머지입니다 — 4촌인 혈족, 그리고 교환일 현재 지분비율 1% 미만이면서 시가로 평가한 지분가액이 10억원 미만인 자.

실무적으로 이 조항이 막는 구조는 하나입니다. 창업자와 지배주주는 현금으로 빠지고, 소액주주에게 주식을 몰아주는 배분입니다. 창업자 입장에서는 매각 대금을 현금으로 받고 싶고 인수자 입장에서는 주식 발행을 줄이고 싶으니 이 배분은 자연스럽게 협상 테이블에 올라옵니다. 그런데 그렇게 짜면 지배주주가 자기 지분비율에 못 미치는 주식을 받게 되어 요건이 깨지고, 회사 전체의 과세이연이 함께 무너집니다. 현금을 원한 사람은 창업자 한 명인데 세금은 모든 매도주주에게 갑니다.

반대 방향은 열려 있습니다. 배분 기준은 지배주주등과 그 특수관계인에게만 걸리므로, 그 밖의 주주에게 현금을 몰아주는 것은 배분 요건상 문제가 되지 않습니다. 지배주주등 쪽이라도 지분 1% 미만이면서 10억원 미만이면 마찬가지입니다(총액 80% 선은 여전히 별도로 지켜야 합니다). 캡테이블 정리를 겸해 소액주주를 현금으로 내보내려는 거래라면 이 경계선이 설계 기준이 됩니다.

거주자 주주는 애초에 전액 이연이 아니다

“주식교환은 과세가 이연된다”는 문장이 흔히 전액 이연으로 읽히는데, 시행령 제35조의2 제3항은 다르게 정합니다.

완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인이 (…) 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

1. 교환ㆍ이전대가에서 (…) 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

교환대가를 주식 80% + 현금 20%로 짰다면, 그 현금 20%에 해당하는 금액(양도차익이 그보다 작으면 양도차익)은 교환하는 해에 그대로 양도소득세 과세 대상입니다. 요건을 다 갖췄어도 마찬가지입니다. 이연되는 것은 나머지 부분뿐입니다.

받은 주식을 나중에 팔 때의 취득가액은 제4항이 정합니다 — (완전자회사 주식의 취득가액 + 제3항에 따른 양도소득 − 제3항 제2호의 금액) × 처분 주식 수 ÷ 교환으로 취득한 주식 수. 이미 과세된 부분만큼 취득가액이 올라가 이중과세가 걸러지는 구조입니다.

법인 주주는 계정이 다릅니다. 제1항·제2항에 따라 양도차익에서 현금 등으로 받은 부분을 뺀 금액을 압축기장충당금으로 손금에 산입했다가 완전모회사 주식을 처분하는 사업연도에 처분 비율만큼 익금에 산입합니다. 시가와 취득가액의 프레임 자체는 비상장주식 양도세 시가에서 다룬 것과 같습니다.

이연을 되돌리는 열쇠는 인수자가 쥔다 — 그리고 그 기간은 3년이 아니다

법 제38조 제2항입니다.

완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 (…) 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 (…) 납부하여야 한다.

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우
2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

대부분의 자료가 이 기간을 “3년”으로 씁니다. 법문에 3년이 적혀 있기 때문인데, 그것은 위임의 상한이고 실제 기간은 시행령 제35조의2 제11항에 있습니다.

법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

시작점이 교환일이 아니라 다음 사업연도 첫날입니다. 그래서 앞 절의 요건 판정 창(교환일 ~ 그 사업연도 종료일)과 이 사후관리 창이 이어 붙어 총 노출 기간이 교환 시점에 따라 달라집니다. 12월 결산법인이 3월에 교환하면 2028년 말까지 약 2년 10개월이 열려 있고, 같은 해 12월에 교환하면 같은 2028년 말까지 약 2년입니다. 9개월 차이가 교환일 하나로 갈립니다.

되돌리는 사유 두 가지는 모두 인수자 쪽에서 일어나는 일입니다. 완전자회사가 사업을 폐지하는 것도, 완전모회사가 그 주식을 처분하는 것도 매도주주가 통제할 수 없습니다. 미룬 세금의 열쇠를 거래 상대방이 들고 가는 구조입니다.

부득이한 사유로 빠져나가는 문은 제13항이 법인세법 시행령 제80조의2 제1항을 준용해 열어 둡니다. 그중 실무에서 가장 자주 닿는 것은 제1호 가목 — 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우입니다. 상장 모회사 주식을 받은 매도주주가 절반 미만을 정리하는 것은 여기에 해당해, 나머지 주식에 붙은 이연이 유지됩니다(처분한 부분은 원래 구조대로 그 시점에 과세됩니다). 사망·파산, 적격합병·적격분할에 따른 처분, 회생절차에서 법원 허가를 받은 처분, 법령상 의무 이행을 위한 처분도 각 목에 열거되어 있습니다.

납부 시점은 제12항이 나눠 정합니다. 거주자 등은 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 이연받은 세액을 납부하고, 법인 주주는 사유가 발생한 사업연도에 압축기장충당금 잔액을 익금에 산입합니다. 인수자의 통지가 늦으면 매도주주의 납부기한이 먼저 지나갑니다.

계약서와 신고서에 남겨야 할 것

첫째, 과세특례신청서는 혼자 못 낸다. 시행령 제35조의2 제14항은 매도주주가 교환일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 제출하도록 정합니다. 인수자의 협조가 신고 단계에서부터 필요하다는 뜻이고, 거래 종결 이후 관계가 소원해지면 이 서류 하나가 막힙니다. 주식교환계약서에 신청서 공동 제출 의무와 기한을 명시해 두는 편이 안전합니다.

둘째, 통지와 손해 분담. 사후관리 사유 발생 시 1개월 통지는 법정 의무지만, 미통지에 대한 제재가 조문에 없습니다. 계약서에서 통지 의무를 다시 약정하고, 인수자의 행위(사업 폐지·주식 처분)로 매도주주의 이연이 깨졌을 때의 세액과 가산세를 누가 부담할지를 정해 두는 것이 실질적인 방어입니다.

셋째, 절차는 원칙적으로 주주총회 특별결의다. 상법 제360조의3 제1항·제2항에 따라 주식교환계약서는 주주총회 승인을 받아야 하고 그 결의는 제434조의 특별결의입니다. 다만 완전모회사가 되는 회사가 발행하는 신주와 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사 발행주식총수의 10%를 넘지 않으면 이사회 승인으로 갈음할 수 있습니다(제360조의10 제1항). 교환대가로 주는 금전 등의 가액이 최종 대차대조표상 완전모회사 순자산의 5%를 넘으면 이 특례는 쓸 수 없습니다(같은 항 단서). 인수자가 규모가 큰 상장사라면 대개 이 경로입니다. 단, 완전모회사가 되는 회사의 발행주식총수 20% 이상을 가진 주주가 공고·통지일부터 2주 내에 서면으로 반대하면 소규모 주식교환을 할 수 없고(제5항), 이 경우 완전모회사 쪽 주주에게는 주식매수청구권이 인정되지 않습니다(제7항). 대가에 완전모회사의 모회사 주식을 섞는 삼각주식교환이라면 그 모회사 주식을 교환 효력 발생일부터 6개월 이내에 처분해야 합니다(제360조의3 제6항·제7항).

넷째, 회계는 세법과 따로 판단한다. 주식교환은 회계상 사업결합이고, 완전모회사가 취득자가 되는 것이 일반적입니다. 다만 비상장회사의 주주가 그 대가로 상장 완전모회사의 지배력을 얻게 되는 규모라면 역취득 판단이 들어옵니다. 기업회계기준서 제1103호 문단 B19는 “지분을 취득당한 기업(법적 피취득자)은 역취득으로 보는 거래에서 회계목적상 취득자”라고 정하고, 그렇게 회계처리하려면 회계상 피취득자가 사업의 정의를 충족해야 한다고 덧붙입니다. 세법의 완전모회사와 회계의 취득자가 갈릴 수 있다는 뜻입니다.

주식으로 파는 것은 현금으로 파는 것보다 세금이 가벼운 구조가 맞습니다. 다만 그 가벼움은 이번 거래의 대가 구성만으로 결정되지 않습니다. 인수자가 지난 2년 동안 무엇을 샀는지, 그리고 앞으로 2년 동안 무엇을 할지가 함께 계산에 들어갑니다. 적격합병에서 이월결손금 승계 여부가 합병 그 자체가 아니라 이후의 사후관리에서 정해지는 것(적격합병 이월결손금 승계)과 같은 문법인데, 주식교환에서는 그 앞쪽까지 열려 있다는 점이 다릅니다.

텀시트를 검토할 때 인수자에게 물어야 할 것은 결국 두 문장입니다. 우리 회사 주식을 마지막으로 현금 주고 산 날이 언제입니까. 그리고 교환 이후 이 회사의 설비와 사업을 어떻게 하실 계획입니까. 이 두 답이 매도주주의 세금을 정합니다.