물적분할로 미룬 세금은 자회사 지분 50%에 매달려 있습니다 — 주식을 판 게 아니라 희석된 것만으로 그 선을 넘고, 추징 시계는 분할등기일이 아니라 다음 사업연도 첫날에 켜집니다

사업부를 떼어 100% 자회사로 만들고, 2년 뒤 그 자회사가 시리즈A를 받아 모회사 지분이 45%가 됐습니다. 모회사는 주식을 한 주도 팔지 않았습니다. 그런데 그해 법인세 신고서에 30억원이 익금으로 잡히고, 자회사는 2년 전 감면받은 취득세를 추징당합니다.

설립 5년이 안 됐다면 이 조문은 열리지 않는다

법인세법 제47조 제1항이 과세특례의 입구를 이렇게 잠급니다.

분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건(같은 조 제2항제2호의 경우에는 분할대가의 전액이 주식등인 경우로 한정한다)을 갖춘 경우 …

그리고 제46조 제2항 제1호의 첫 문장이 “분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인”입니다. 물적분할에는 별도의 완화 규정이 없습니다. 2023년에 설립한 회사가 2026년에 사업부를 물적분할하면 다른 요건을 아무리 잘 맞춰도 적격분할이 아니고, 넘긴 순자산의 양도차익 전액이 그 사업연도에 과세됩니다.

여기서 자주 헷갈리는 지점이 있습니다. 5년을 요구받는 주체는 분할하는 사업부문이 아니라 내국법인입니다. 문언대로라면 7년 된 회사가 작년에 시작한 신사업부를 떼는 것은 이 요건을 통과하고, 3년 된 회사가 창업 때부터 해 온 본업을 떼는 것은 통과하지 못합니다. 다만 이 경계선은 실무에서 계속 다투어져 왔습니다 — 국세청 법령해석 목록에서 이 요건의 해당 여부를 정면으로 묻는 질의가 2015년부터 2023년까지 4건 확인됩니다(서면-2015-법인-0142, 서면-2014-법인-22093, 서면-2022-법인-4405, 서면-2023-법인-0935).

나머지 입구 요건도 스타트업 구조에서 특히 잘 깨집니다.

• §46②1호다목 — “분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것.” 자회사를 만들면서 투자자를 함께 태우면 그 시점에 적격이 아닙니다. 순서를 지켜야 합니다. 먼저 100% 자회사로 물적분할하고, 그다음에 라운드를 붙입니다.
• §47① 괄호 — 분할대가의 전액이 주식일 것. 자회사가 모회사에 현금을 한 푼이라도 정산해 주면 깨집니다.
• 시행령 §82의2⑤ — 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하면 포괄승계로 보지 않는다. 떼어 내는 사업부가 다른 회사 지분을 들고 있다면 그 지분을 같이 넘기는 순간 §46②1호나목(자산·부채의 포괄적 승계)이 무너집니다. 예외는 같은 조 제3항이 정한 세 가지뿐입니다 — 분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유주식과 그에 딸린 자산·부채만으로 구성된 사업부문, 지주회사를 설립하는 사업부문, 그리고 재정경제부령이 정하는 유사한 경우입니다.

미뤄지는 건 자산이 아니라 주식이다

검색 상위 자료의 상당수가 물적분할의 과세이연을 인적분할·합병과 뒤섞어 “자산조정계정”으로 설명합니다. 틀렸습니다. 자산조정계정은 적격합병·적격(인적)분할에서 자산을 승계받은 법인이 다는 계정이고, 물적분할에서는 그런 일이 일어나지 않습니다.

물적분할에서 과세이연은 분할법인, 즉 모회사의 장부에서만 일어납니다. 시행령 제84조 제1항과 제2항입니다.

① 법 제47조제1항에 따라 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식등(이하 이 조에서 “분할신설법인주식등”이라 한다)의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

자회사 쪽은 어떻게 될까요. 시행령 제72조 제2항 제3호 가목이 장부가액 승계를 허용하는 것은 “적격합병 또는 적격분할의 경우”뿐이고, 이때의 적격분할은 제46조 제1항 괄호에서 물적분할을 명시적으로 제외한 그 분할입니다. 물적분할의 분할신설법인은 나목의 “그 밖의 경우”에 해당해 자산을 시가로 취득합니다. 같은 항 제3호의2는 반대편을 정합니다 — 모회사가 취득하는 자회사 주식의 세무상 취득가액은 물적분할한 순자산의 시가입니다.

정리하면 이렇습니다. 자회사는 자산 기초를 시가로 올려 받아 그 시가로 감가상각하고, 모회사는 그만큼 생긴 양도차익을 압축기장충당금으로 눌러 둡니다. 그룹 전체로 보면 상각비는 늘고 세금은 뒤로 미뤄지는 구조인데, 미뤄진 세금의 계산서는 자회사가 아니라 모회사 앞으로 발행되어 있습니다.

물적분할의 과세이연은 자회사에 붙은 혜택이 아니라 모회사 장부에 걸린 부채입니다. 자회사에서 벌어지는 일이 모회사의 세금을 결정합니다.

회계에서는 이익이 0원이다 — 그래서 비적격이면 현금 없는 세금만 남는다

물적분할로 30억원의 양도차익이 생겼다고 하면 손익계산서에 그 30억원이 잡힐 것 같지만, 그렇지 않습니다. 일반기업회계기준 32.15는 이렇게 정합니다.

기업은 자신의 사업 전부나 일부 사업을 분할하여 새로운 기업에 이전할 때 자신의 장부금액으로 이전한다. 새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식하고, 이전대가로 발행한 주식의 액면금액과의 차이는 적절한 자본 항목으로 반영한다.

원래는 이렇지 않았습니다. 결론도출근거 결32.21이 이력을 적어 두었는데, 과거에는 물적분할을 공정가치법으로 처리하고 인적분할 중에서도 분할신설기업이 주주에게 지분율에 비례해 주식을 배분하는 경우만 장부금액법을 썼습니다. 그런데 한국채택국제회계기준에는 동일지배 분할의 회계처리 기준이 명시되어 있지 않아 K-IFRS 적용기업이 “거의 대부분 장부금액법을 사용”하고 있었고, 결32.22에 따르면 회계기준위원회는 경제적 실체의 변화가 없는 거래를 공정가치로 처리하는 것이 비례적 인적분할과 일관되지 않는다고 보아 법적 형식(물적·인적)에 따라 회계처리를 달리하지 않기로 정리했습니다.

그래서 결산서에는 아무 일도 일어나지 않습니다. 순자산 장부가액 20억원짜리 사업부를 떼면 자회사 투자주식이 20억원으로 잡히고 처분이익은 0원입니다. 시가 50억원과의 차액 30억원은 세무조정계산서에만 존재합니다.

회계가 이익을 인식하지 않는데 시행령 제84조 제2항은 압축기장충당금을 “계상하여야 한다”고 씁니다. 이 어긋남은 시행령 제98조 제2항이 풉니다 — 시행령에 따른 압축기장충당금을 세무조정계산서에 계상하고 신고 때 손금에 산입하면 손비로 계상한 것으로 본다는 규정입니다. 결산서를 건드리지 않고 신고조정으로 끝낼 수 있고, 대신 자산별로 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부해야 합니다.

이 비대칭이 무해한 것은 적격 요건을 갖췄을 때뿐입니다. 요건 하나를 놓치면 재무제표에는 한 푼의 이익도 없는데 법인세만 나갑니다. 앞 절의 5년 요건에 걸린 회사가 그것을 모른 채 분할을 끝내면, 이듬해 3월에 현금이 들어온 적 없는 30억원에 대한 세금을 마주하게 됩니다. 회계가 인식하지 않은 것을 세법이 먼저 계산한다는 점에서, 세법이 자산으로 인정한 것을 회계가 인식하지 못하는 이연법인세자산 결손금 인식요건의 정확한 반대 방향 사례입니다.

되돌아오는 문이 두 개인데, 하나에는 기한이 없다

압축기장충당금은 시간이 지나면 저절로 사라지는 계정이 아닙니다. 법인세법 제47조가 정한 두 개의 문 중 하나가 열리면 익금으로 돌아옵니다. 두 문은 성격도 기한도 다릅니다.

첫 번째 문 — 제47조 제2항(처분). 조문에 기간 제한이 없습니다.

1. 분할법인이 분할신설법인 주식등을 처분하는 경우
2. 분할신설법인이 승계받은 자산을 처분하는 경우

돌아오는 금액은 전액이 아니라 처분비율만큼입니다. 시행령 제84조 제3항이 산식을 정하는데, 주식 처분비율과 자산 처분비율을 더한 뒤 두 비율의 곱을 빼는 구조입니다(중복 계산 방지). 압축기장충당금 잔액 30억원 상태에서 자회사 주식의 40%를 팔면 12억원이 익금이 되고 나머지 18억원은 계속 이연됩니다.

두 번째 사유에 눈길이 가야 합니다. 자회사가 자산을 팔면 모회사의 세금이 나갑니다. 대상 자산의 범위는 시행령 제84조 제4항이 한정합니다 — 감가상각자산, 토지, 주식등입니다. 재고자산이나 매출채권 처분은 여기 들어가지 않습니다. 그리고 비율의 분모·분자는 자산가액이 아니라 양도차익이므로(§84③2호), 분할 당시 시가와 장부가액이 같았던 자산을 파는 것은 충당금을 건드리지 않습니다.

이 조항에는 통지의무가 딸려 있습니다. 제47조 제2항 제2호 후단이 “분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다”고 정합니다. 분리된 뒤에도 두 회사의 세무는 붙어 있다는 뜻인데, 자회사에 외부 투자자가 들어와 이사회가 따로 돌기 시작하면 이 통지가 실제로 끊깁니다. 분할계획서나 이후의 주주간계약에 자산 처분 통지 조항을 남겨 두어야 하는 이유입니다.

두 번째 문 — 제47조 제3항(구조 변화). 잔액 전액이 한꺼번에 돌아옵니다.

1. 분할신설법인이 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 분할 사업부문 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

3호의 근로자는 아무나 세지 않습니다. 시행령 제84조 제14항이 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한정하고, 제82조의2 제10항 각 호에 따라 일용근로자·6개월 미만 계약직·임원 등을 제외할 수 있습니다. 분할 시점에 계약직 비중이 높았던 사업부라면 분모가 생각보다 작고, 그만큼 80% 선이 가깝습니다.

1호의 ‘사업 폐지’도 문 닫는 것만 뜻하지 않습니다. 시행령 제84조는 사업의 계속·폐지 판정에 제80조의2 제7항과 제80조의4 제8항을 함께 준용하는데, 사후관리 기간 중의 판정은 뒤쪽입니다 — 그 기간 중 승계한 자산가액(유형자산·무형자산·투자자산)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업을 폐지한 것으로 봅니다. 피벗 한 번으로 설비 절반을 정리하면 여기 걸립니다.

자회사가 투자를 받는 순간이 곧 추징 사유다

제47조 제3항 제2호의 문언을 다시 보겠습니다. “분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우“입니다. 처분하는 경우가 아니라 보유하게 되는 경우입니다.

그래서 자회사가 제3자 배정으로 신주를 발행하면 모회사는 아무것도 팔지 않았는데 이 문언에 닿습니다. 밸류에이션이 올라 모회사가 보유한 주식의 가치가 크게 뛰었더라도 마찬가지입니다. 조문이 보는 것은 가치가 아니라 지분율입니다.

실무 결과는 두 갈래로 나뉩니다.

• 모회사 지분이 50% 이상으로 남는 라운드: 이 문은 닫혀 있습니다. 100%에서 55%로 희석돼도 걸리지 않습니다.
• 50% 미만으로 내려가는 라운드: 압축기장충당금 잔액이 그해에 전액 익금이 됩니다. 자회사에 들어온 투자금은 자회사 계좌에 있는데, 세금은 모회사가 자기 현금으로 냅니다.

라운드 사이즈와 밸류를 정할 때 모회사 지분이 49%로 떨어지는지 51%로 남는지가 6억 6,000만원짜리 차이를 만든다는 뜻이고(잔액 30억원, 한계세율 22% 기준), 이 계산은 텀시트를 확정하기 전에 해야 합니다. 상환전환우선주와 스톡옵션 풀까지 얹은 완전희석 기준으로 봐야 합니다. 인수 구조를 고를 때 지분 이전과 사업 이전이 서로 다른 세금을 부른다는 점은 주식양수도 영업양수도 세금차이에서 다뤘는데, 물적분할은 그 선택을 한 번 하고 끝내는 게 아니라 몇 년 뒤 자회사 라운드에서 다시 정산하는 구조입니다.

반대편이 먼저 물을 질문 — “판 게 없는데 왜 추징인가”

여기서 정직하게 짚고 갈 대목이 있습니다. 제47조 제3항 본문에는 단서가 붙어 있습니다. “다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.” 그 부득이한 사유를 정하는 시행령 제84조 제12항 제1호는 제47조 제3항 제2호(지분 50% 미만)와 관련된 경우, 분할법인이 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우라고 씁니다.

준용된 제80조의2 제1항 제1호의 각 목은 일곱 개입니다.

• 가목: 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우
• 나목: 사망하거나 파산하여 처분한 경우
• 다목: 적격합병·적격분할·적격물적분할·적격현물출자에 따라 처분한 경우
• 라목: 조세특례제한법 제38조·제38조의2·제121조의30에 따라 과세를 이연받으면서 처분한 경우
• 마목: 회생절차에서 법원의 허가를 받아 처분한 경우
• 바목: 기업개선계획 이행 약정에 따라 처분한 경우
• 사목: 법령상 의무를 이행하기 위하여 처분한 경우

문제는 가목입니다. 신주발행으로 희석된 경우 모회사가 처분한 주식은 0주이므로, 문언만 보면 “전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우”에 해당한다는 읽기가 가능합니다. 그렇게 읽으면 순수한 희석은 부득이한 사유가 되어 추징이 없습니다. 반대로 가목이 처분이 실제로 있었던 사안을 전제로 한 완화 조항이라고 읽으면(처분이 0인 것은 ‘적게 처분한 경우’가 아니라 ‘처분하지 않은 경우’다) 희석에는 열리지 않고 제3항 제2호가 그대로 작동합니다.

가목의 원인이 원래 합병이라는 점도 걸립니다. 시행령 제84조 제12항 제1호가 이 목을 물적분할에 준용하면서 주체를 ‘분할법인’으로 갈아 끼우지만, 목 자체의 문언은 교부받은 주식을 실제로 처분한 사안을 전제로 쓰여 있습니다.

두 읽기의 결과가 6억 6,000만원 차이입니다. 그런데 이 쟁점을 정면으로 다룬 자료를 찾지 못했습니다.

확실하게 열려 있는 문은 따로 있습니다. 시행령 제84조 제5항이 정하는 적격구조조정 경로입니다 — 분할법인이나 분할신설법인이 적격합병·적격분할·적격물적분할·적격현물출자, 조세특례제한법 제38조의 주식의 포괄적 교환등으로 주식이나 자산을 처분하는 경우가 여기 들어갑니다. 이때는 압축기장충당금이 소멸하지 않고 새로 취득한 주식이나 자산으로 대체됩니다(§84⑥). 자회사를 계열 재편의 일부로 옮기는 것과 외부에 파는 것은 결과가 다르다는 뜻입니다.

시계가 세 개이고, 서로 다른 날에 켜져서 서로 다른 날에 꺼진다

대부분의 자료가 이 사후관리 기간을 “분할등기일부터 3년”이라고 씁니다. 법 제47조 제3항 본문이 “분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에”라고 쓰기 때문인데, 그 대통령령을 열어 보면 다릅니다. 시행령 제84조 제13항입니다.

법 제47조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다.

시작점이 분할등기일이 아니라 다음 사업연도 첫날이고, 길이도 2년입니다. 3년은 제3호, 즉 근로자 수 요건에만 붙습니다.

그런데 같은 사유로 취득세를 추징하는 조문은 기간을 자기 방식으로 셉니다. 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호는 적격물적분할로 취득하는 사업용 재산의 취득세를 50% 경감하면서(2027년 12월 31일까지 취득분, 부동산임대업 주업 사업부문 등 법인세법 제46조 제3항 해당분은 제외), 단서에서 이렇게 정합니다.

다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.

판정 사유는 법인세법 제47조 제3항을 그대로 빌려 오고, 부득이한 사유에 해당하면 취득세 추징도 함께 배제됩니다. 다른 것은 기간뿐인데, 그 하나가 어긋납니다.

12월 결산법인이 2026년 3월 2일에 물적분할 등기를 했다고 놓고 세 시계를 나란히 세워 보겠습니다.

| 시계 | 근거 | 켜지는 날 | 꺼지는 날 | |—|—|—|—| | 법인세 — 사업폐지·지분 50% | 법인세법 §47③1·2호, 시행령 §84⑬ | 2027-01-01 | 2028-12-31 | | 법인세 — 근로자 80% | 법인세법 §47③3호, 시행령 §84⑬ | 2027-01-01 | 2029-12-31 | | 취득세 추징 | 지방세특례제한법 §57의2③2호 단서 | 2026-03-02 | 2029년 3월 초 |

2029년 1월에 자회사 지분을 40%로 낮추면 법인세 압축기장충당금은 이미 풀려 있지만 취득세 추징은 그대로 살아 있습니다. 게다가 취득세를 추징당하는 주체는 감면을 받았던 자회사입니다. 모회사의 지분 매각 결정으로 자회사에 고지서가 갑니다. 자회사에 이미 외부 투자자가 들어와 있다면 이 고지서는 주주간 분쟁의 재료가 됩니다. 지방세가 국세와 다른 시간표로 움직인다는 점은 과점주주 간주취득세에서 본 것과 같은 구조입니다.

앞쪽 구간도 눈여겨볼 만합니다. 분할등기일부터 그 사업연도 종료일까지는 취득세 추징 시계가 이미 돌고 있는데, 법인세 제47조 제3항의 기간은 문언상 아직 시작되지 않았습니다. 이 구간에 자회사가 신주를 발행해 모회사 지분이 50% 아래로 내려가면 제47조 제2항의 ‘처분’도 아니어서, 문언만 보면 법인세 쪽 문이 열리지 않습니다.

다만 이것을 계획으로 쓰지는 마십시오. 제46조 제2항 제2호가 분할대가로 받은 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것을 요구하고 있어, 과세관청이 같은 구간의 희석을 사후관리의 공백이 아니라 적격 요건 자체의 흠결로 구성할 여지가 있습니다. 그렇게 가면 압축기장충당금이 익금으로 돌아오는 정도가 아니라 이연 자체가 부인되어 결과가 더 나쁩니다.

분할을 결의하기 전에 확정해야 하는 세 가지

첫째, 5년과 순서. 설립 5년이 지났는지, 그리고 자회사에 투자자를 태우는 시점이 분할 등기 이후인지입니다. 이 두 가지는 분할계획서를 쓰는 시점에 이미 결정되어 있고 나중에 고칠 수 없습니다.

둘째, 자회사 라운드의 지분 시나리오. 물적분할을 하는 대부분의 이유가 “그 사업부에 별도 자금을 태우기 위해서”인데, 바로 그 행위가 제47조 제3항 제2호의 사유입니다. 후속 라운드까지 감안했을 때 모회사 지분이 50% 이상으로 유지되는지, 아니라면 압축기장충당금 잔액에 대한 세금을 언제 어떤 현금으로 낼 것인지를 분할 전에 계산해 둡니다.

셋째, 자회사와의 정보 연결. 승계자산 처분 1개월 통지(§47②2호 후단), 근로자 수의 각 사업연도 종료일 기준 관리(§47③3호), 취득세 감면분과 그 추징 시계. 셋 다 자회사에서 발생하고 모회사가 신고합니다. 분할과 동시에 두 회사의 결산·세무 일정이 갈라지므로, 통지 체계를 계약과 내부 절차에 남기지 않으면 두 번째 결산부터 끊깁니다.

부수적으로 챙길 것도 있습니다. 부가가치세법 시행령 제23조가 재화의 공급으로 보지 않는 사업양도의 범위에 “「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할“을 명시하고 있어, 적격 요건을 갖춘 물적분할은 부가가치세 문제가 정리됩니다. 감면·세액공제도 시행령 제84조 제15항에 따라 자회사가 승계해 적용받을 수 있지만, 승계받은 사업에 속하는 것에 한정되고 자회사가 그 감면 요건을 스스로 갖춰야 합니다. 연구·인력개발비 세액공제 이월액을 사업부와 함께 넘길 생각이라면 자회사 쪽에서 요건이 다시 성립하는지부터 봅니다. 취득세 감면분에는 농어촌특별세가 따라붙습니다 — 경감받은 세액의 20%입니다(농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호). 합병은 지방세법 제15조 제1항의 세율 특례 대상이라 비과세 통로가 있지만(농어촌특별세법 제4조 제10호의4), 회사분할은 그 특례에 들어 있지 않습니다.

물적분할은 세금을 없애는 도구가 아니라 미루는 도구이고, 미룬 것을 언제 갚을지는 대부분 모회사가 아니라 자회사에서 일어나는 일이 정합니다. 적격합병에서 이월결손금 승계 여부가 합병 그 자체가 아니라 이후의 사후관리로 결정되는 구조(적격합병 이월결손금 승계)와 같은 문법입니다. 분할계획서보다 분할 이후 3년의 캘린더를 먼저 그려 보는 편이 낫습니다.