플립하는 순간, 팔지 않은 주식에 양도소득세가 붙습니다 — 세법이 열어 둔 과세이연 통로는 셋인데 셋 다 ‘내국법인’에서 닫히고, 남는 변수는 주식교환을 언제 하느냐 하나뿐입니다

미국에 모회사를 세우기로 한 날, 창업자에게 들어온 현금은 0원입니다. 그런데 그날은 세법상 창업자가 자기 주식을 판 날입니다. 시리즈A를 마친 뒤라면 그날의 라운드 단가가 양도가액으로 잡힐 수 있고, 그 세금은 예정신고 기한에 현금으로 내야 합니다.

“양도소득세 부담이 크니 기업가치가 낮은 초기에 하라.” 플립을 다루는 글은 대개 여기서 멈춥니다. 결론은 널려 있는데 왜 이연이 안 되는지를 조문으로 짚은 글이 없습니다. 그런데 CFO가 실제로 답해야 하는 질문은 그 아래에 있습니다. 정말 통로가 하나도 없는가, 없다면 세금은 무엇으로 계산되는가, 그리고 그날부터 회사에 새로 붙는 의무는 무엇인가.

먼저 비슷해 보이는 다른 문제와 갈라 놓겠습니다. 외국 주주가 한국 주식을 팔 때는 매수자가 세금을 떼서 내는 구조이고, 세금을 내는 사람과 떼는 사람이 다릅니다. 오늘 글은 반대 방향입니다. 한국에 사는 창업자가 한국 주식을 해외 법인에 넘기고, 자기가 직접 신고하고 냅니다. 원천징수가 아니라 예정신고입니다.

플립은 이민이 아니라 주식의 매매다

플립을 “본사를 옮긴다”고 부르는 순간 구조가 흐려집니다. 실제로 일어나는 일은 이렇습니다. 미국에 신설한 법인(Newco)이 한국 법인의 주식 전부를 넘겨받고, 그 대가로 한국 법인의 주주들에게 자기 주식을 발행해 줍니다. 한국 법인은 그대로 남아 미국 법인의 자회사가 되고, 창업자는 한국 법인 주주에서 미국 법인 주주로 바뀝니다.

이 그림에서 창업자가 한 일은 주식을 넘기고 다른 주식을 받은 것입니다. 소득세법은 이것을 정면으로 양도라고 부릅니다. 제88조 제1호는 “양도”를 “등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것”으로 정의합니다. 교환도 양도이고 현물출자도 양도입니다. 현금이 오갔는지는 요건이 아닙니다.

플립을 주식교환으로 하든 현물출자로 하든, 소득세법 제88조 제1호에는 둘 다 이름이 적혀 있습니다. 구조를 바꿔서 ‘양도가 아닌 것’으로 만드는 길은 없습니다.

통로가 셋인데, 셋 다 ‘내국법인’에서 닫힌다

양도라도 세금을 미뤄 주는 조문이 있으면 됩니다. 실무에서 검토되는 통로는 셋입니다. 원문을 열어 보면 셋 다 같은 지점에서 막힙니다.

첫째, 조특법 제38조(주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례). 플립 구조와 가장 닮은 조문입니다. 그런데 제1항 제1호가 요구하는 것은 “주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것”입니다. 상대방이 미국 법인이면 문언에서 바로 걸립니다. 애초에 이 조문이 가리키는 상법 제360조의2·제360조의15의 포괄적 교환·이전 절차 자체가 국내 회사 사이의 제도입니다.

둘째, 조특법 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례). 이쪽은 현물출자 방식이고 분할납부까지 열어 두어 매력적으로 보입니다. 제1항은 “내국법인의 내국인 주주가 … 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우”를 대상으로 합니다. 새로 세우는 것이 미국 법인이면 공정거래법상 지주회사가 아닙니다. 여기서도 닫힙니다.

셋째, 법인세법 제47조의2(현물출자 시 과세특례). 제1항은 “내국법인(출자법인)이 … 현물출자를 받은 내국법인(피출자법인)”이라고 양쪽 모두를 내국법인으로 못박습니다. 게다가 이 조문은 법인 주주 이야기입니다. 개인 창업자에게는 처음부터 열리지 않습니다.

세 조문의 요건을 나열하는 글은 이미 있습니다. 실무에서 중요한 것은 셋의 차단 지점이 서로 다른 이유로 같은 결론에 도달한다는 점입니다. §38은 상대방 법인의 국적에서, §38의2는 설립되는 회사의 지주회사 해당 여부에서, §47의2는 출자자의 신분에서 각각 걸립니다. 그래서 “구조를 조금 비틀면 하나쯤 통과하지 않을까” 하는 시도가 잘 통하지 않습니다. 세 개의 열쇠가 서로 다른 자물쇠에 물려 있습니다.

남는 변수는 시점 하나뿐이다

이연이 없으면 계산은 단순해집니다. 양도가액에서 취득가액을 빼고 세율을 곱합니다. 그리고 창업자는 거의 언제나 대주주이므로 세율은 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목에 따라 과세표준 3억원까지 20%, 초과분 25%입니다(지방소득세 10% 별도). 취득가액은 설립 때 낸 액면가라, 라운드가 몇 번 돈 뒤의 양도가액에 비하면 없는 것이나 마찬가지입니다.

그러면 세금의 크기를 정하는 것은 양도가액 하나이고, 양도가액은 그날의 시가입니다. 시점이 곧 세금입니다.

예를 들어 창업자가 보통주 30만 주를 취득가액 1.5억원에 보유하고 있다고 하겠습니다. 설립 2년차에 1주당 1,000원으로 넘기면 양도소득세·지방소득세·증권거래세를 합쳐 약 3,327만원입니다. 시리즈A 단가 5만원이 붙은 뒤에 넘기면 같은 합계가 약 41.05억원이 됩니다(두 경우 모두 양도소득 기본공제 250만원과 필요경비로 빠지는 증권거래세를 반영했습니다 — 소득세법 §103①, 같은 법 시행령 §163⑤). 같은 지분, 같은 구조, 날짜만 다릅니다. “밸류가 낮을 때 하라”는 말은 조언이 아니라 이 표의 요약입니다.

여기서 진짜 실무 쟁점이 나옵니다. 그날의 시가를 무엇으로 볼 것인가.

거주자가 자기가 지배하는 미국 법인에 주식을 넘기는 것은 특수관계인 거래입니다. 국조법 제4조 제2항이 국제거래에 대해 배제하는 것은 소득세법 제41조(사업소득 부당행위계산)와 법인세법 제52조뿐이고, 양도소득의 부당행위계산인 소득세법 제101조는 배제 목록에 없습니다. 따라서 저가 양도로 보이면 그대로 부인 대상이 됩니다. 기준은 소득세법 시행령 제167조 제3항 단서 — 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때입니다.

그 ‘시가’는 같은 조 제5항이 상증세법 제60조부터 제66조까지를 준용해 정하되, 평가기간을 양도일 전후 각 3개월로 좁혀 놓았습니다. 상속·증여의 6개월이 아닙니다. 여기서 스타트업 특유의 세 갈래가 갈립니다.

두 번째 줄이 초기 스타트업의 자리입니다. 사업개시 후 3년이 안 된 법인은 순손익가치를 쓰지 않고 순자산가치만으로 평가합니다. 결손이 쌓인 회사라면 이 값이 아주 낮습니다. “초기에 하라”가 실효를 갖는 진짜 이유가 이것입니다. 이 평가 구조 자체는 투자 밸류와 세법 평가액이 어긋나는 이유에서 자세히 다뤘습니다.

그런데 여기에 함정이 있습니다. 직전 라운드 단가가 매매사례가액으로 인정되면 그것이 시가가 되어 보충적 평가액을 밀어냅니다(비상장주식 양도의 시가 함정과 같은 구조입니다). 인정 여부는 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 필터를 통과하느냐로 갈립니다 — 특수관계인 거래이거나 거래가액이 객관적으로 부당하면 제외되고(가목), 거래된 비상장주식의 액면가액 합계가 ‘발행주식총액(액면) 1%’와 ‘3억원’ 중 적은 금액에 미달해도 제외됩니다(나목). 소액 거래는 시가로 안 쳐 준다는 뜻입니다.

그 전에 더 근본적인 질문이 있습니다. VC 라운드는 대개 신주 발행이지 기존 주식의 매매가 아니어서, 이것을 상증령 §49①1호의 ‘해당 재산에 대한 매매사실’로 볼 수 있는지부터 쟁점입니다. 조세심판원은 유상증자 발행가액을 곧바로 상증세법상 시가로 볼 수는 없다고 판단한 적이 있습니다(조심 2012중3707, 2013.4.18.). 다만 그 사건은 출자전환 방식의 증자였고 평가기준일과 두 달 넘게 떨어진 가격이 기초였다는 사정도 함께 고려됐으므로, 독립 VC의 현금 라운드에 그대로 적용된다고 단정할 수는 없습니다. 라운드 단가가 곧 시가라고 가정하지도, 반대로 시가가 아니라고 가정하지도 말고 평가 근거를 따로 준비해 두어야 합니다.

세금 말고, 그날부터 따라오는 것들

주식교환일에 시작되는 의무가 셋 더 있습니다. 셋 다 양도소득세 계산에 가려 뒤로 밀리기 쉬운 자리입니다.

증권거래세. 비상장주식을 장외에서 개별적으로 넘기면 증권거래세법 제3조 제3호에 따라 양도자 본인이 납세의무자입니다. 세율은 법 제8조 제1항의 1만분의 35, 즉 0.35%입니다. 시행령 제5조의 탄력세율은 유가증권시장·코스닥·코넥스·금융투자협회를 통한 양도에만 적용되므로 여기서는 인하가 없습니다. 신고·납부는 법 제10조 제1항 제2호에 따라 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내 — 양도소득세 예정신고 기한(소득세법 §105①2호)과 같은 날입니다. 상반기 플립이면 8월 말, 하반기면 이듬해 2월 말입니다.

해외직접투자 신고. 창업자가 미국 법인의 주식을 취득하는 것 자체가 자본거래입니다. 외국환거래법 제18조 제1항이 자본거래를 하려는 자에게 신고 의무를 지우고, 제3항은 그중 거주자의 해외직접투자에 대해서는 투자자 적격성·투자가격 적정성을 검토해 신고수리 여부를 결정할 수 있게 합니다. 접수로 끝나는 신고가 아니라 수리 여부가 갈리는 신고입니다.

여기서 실무 함정은 타이밍입니다. 플립은 주식을 주고 주식을 받는 거래라 은행을 거치는 돈이 없습니다. 송금할 일이 없으니 외환 절차를 떠올릴 계기가 없고, 그래서 지분 취득이 먼저 일어난 뒤에야 신고를 챙기게 됩니다.

외국환거래법 §18②은 신고와 신고수리를 “제15조 제1항에 따른 절차 이전에” 완료하도록 정합니다. 그런데 송금이 없는 거래에서 그 ‘절차 이전’의 기준시점을 언제로 볼지는 법률 문언만으로 정해지지 않습니다. 그래서 신고 시점과 창구는 주식교환 계약 전에 지정거래외국환은행과 확인해 두는 편이 안전합니다.

국제거래 자료 제출. 플립이 끝나면 한국 법인은 국외특수관계인을 가진 회사가 됩니다. 국조법 제2조 제1항 제3호 가목이 의결권 있는 주식 50% 이상 소유를 특수관계로 규정하므로, 미국 모회사가 한국 법인 지분 전부를 갖는 구조에서는 판정이 자동으로 성립합니다.

여기서 실무 오해를 하나 짚겠습니다. 이 지점에서 흔히 “이전가격 문서화가 붙는다”고 말하는데, 정확하지 않습니다. 통합기업보고서·개별기업보고서는 국조법 시행령 제34조 제1항이 매출액 1,000억원 초과 그리고 국외특수관계인과의 거래 규모 합계 500억원 초과를 모두 요구합니다. 스타트업에는 사실상 걸리지 않습니다.

실제로 걸리는 것은 국제거래명세서입니다. 국조법 제16조 제2항은 “국외특수관계인과 국제거래를 하는 납세의무자”에게 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내 제출을 요구하고, 여기엔 매출 요건이 없습니다. 면제선은 시행령 제36조 제1호가 정하는데, 재화 5억원 이하 그리고 용역 1억원 이하 그리고 무형자산 1억원 이하를 모두 충족해야 면제됩니다.

플립 후의 전형적인 구조를 떠올려 보십시오. 한국 법인이 개발·운영을 맡고 미국 모회사가 영업과 계약을 맡습니다. 한국 법인이 모회사에 청구하는 개발용역 대가는 첫해에도 1억원을 넘기 쉽습니다. 그 순간 면제선이 깨집니다. 매출이 20억이든 200억이든 상관없습니다.

반대 방향의 위험도 같은 날 열립니다. 미국 모회사 직원이 한국에 상주하며 영업을 하기 시작하면 그 모회사에 한국 고정사업장(PE)이 생기는지가 별도 쟁점이 됩니다. 플립은 세금 문제 하나를 만드는 게 아니라, 국경을 가로지르는 판정 항목을 한 번에 여러 개 켭니다.

스타트업에 붙는 것은 이전가격 보고서 세트가 아니라 국제거래명세서입니다. 그리고 그 스위치를 켜는 것은 회사의 매출이 아니라 모회사에 청구하는 용역 대가 1억원입니다.

두 번 내는 게 아니라 앞당겨 내는 것이다

여기까지 읽으면 “그럼 나중에 미국 법인 주식을 팔 때 또 내는 건가”라는 질문이 나옵니다. 구조를 보면 그렇지 않습니다.

조특법 제38조 제1항이 열어 주려 했던 것은 면제가 아니라 순연입니다. 조문 문언 그대로 “완전모회사 … 주식을 처분할 때까지 과세를 이연”입니다. 그 통로가 닫혔다는 것은 세금이 사라지지 않는다는 뜻이 아니라, 낼 시점이 exit에서 플립일로 당겨졌다는 뜻입니다.

그 대신 새로 받은 주식의 출발선이 올라갑니다. 미국 법인 주식은 나중에 팔 때 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목의 ‘외국법인이 발행한 주식’으로 과세되고, 양도차익에서 빼는 취득가액은 제97조 제1항 제1호 가목의 “취득에 든 실지거래가액”입니다. 그리고 제88조 제5호는 실지거래가액을 “대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액”으로 정의합니다. 플립에서 미국 법인 주식을 얻기 위해 창업자가 내놓은 것은 한국 법인 주식이고, 그 가액은 방금 양도가액으로 잡힌 그 금액입니다. 나중에 exit할 때는 그 지점부터 차익을 셉니다. 다만 부당행위계산으로 양도가액이 시가로 고쳐진 경우 새 주식의 취득가액도 함께 올라가는지는 조문이 직접 정하지 않으므로, 실제 신고 때 근거를 따로 확인해야 합니다.

따라서 플립의 세무 논점은 “세금을 내느냐 마느냐”가 아니라 “이 회사의 생애에서 가장 싼 날이 언제인가”입니다. 그리고 그 날은 대개 이미 지나가고 있습니다.

그래서 언제 결정해야 하나

플립을 검토하는 회사에 필요한 문서는 구조도가 아니라 날짜별 계산표 하나입니다. 오늘 시가로 넘기면 얼마인가, 다음 라운드 텀시트에 서명한 뒤라면 얼마인가, 그 세금을 낼 현금은 어디서 나오는가. 세 번째 질문이 가장 자주 빠집니다 — 플립으로 들어오는 현금이 0원이므로, 세금은 창업자 개인이 별도로 마련해야 합니다.

그리고 이 계산표에서 가장 먼저 확인할 칸은 세율이 아니라 한국 법인의 사업개시일입니다. 사업개시 3년이 되는 날을 지나면 순자산가치만 쓰던 평가가 순손익가치 3 : 순자산가치 2 가중평균으로 바뀝니다. 매출이 붙기 시작한 회사라면 이 전환 하나로 시가가 크게 움직입니다. 달력에 적혀 있지 않은 기한이지만, 실질적으로는 기한입니다.

참고 조문 — 소득세법 §88 1호·5호·§94①3호다목·§97①1호가목·§101①·§103①·§104①11호·§105①2호 / 소득세법 시행령 §163⑤·§167③⑤ / 조세특례제한법 §38①·§38의2① / 법인세법 §47의2① / 상속세 및 증여세법 §60①②③ / 상증세법 시행령 §49①1호·§54①④ / 증권거래세법 §3·§8①·§10①2호 / 증권거래세법 시행령 §5 / 국제조세조정에 관한 법률 §2①3호·§4②·§16①② / 국조법 시행령 §34①·§36 / 외국환거래법 §18①②③ / 조세심판원 조심 2012중3707(2013.4.18.) (2026-09-22 기준 법령 원문 대조. 소득세법·법인세법 시행 20260101, 소득세법 시행령 시행 20260701, 조특법·상증세법 시행령 시행 20260918, 국조법·증권거래세법 시행령·외국환거래법 시행 20260102, 국조법 시행령 시행 20260227 기준.)