적자 자회사의 결손금을 모회사 세금에서 빼려면 지분 90%가 필요합니다 — 연결납세 신청서는 사업연도가 시작되고 열흘 안에 들어가야 하고, 그렇게 합쳐도 연결 전에 쌓인 결손금은 자회사 자신이 번 소득까지만 공제됩니다

자회사 지분을 100% 들고 있어도, 그 자회사가 낸 적자는 모회사 법인세에서 자동으로 빠지지 않습니다. 세법에서 두 법인의 세금을 하나로 합치려면 별도의 신청이 필요하고, 그 신청서는 사업연도가 시작되고 열흘 안에 들어가야 합니다. 열흘이 지나면 그해는 닫힙니다.

회계의 연결과 세법의 연결은 다른 문입니다

연결재무제표를 만드는 기준은 지분율이 아니라 지배력입니다. 51%로도 연결범위에 들어오고, 지분이 그보다 낮아도 사실상의 지배가 인정되면 들어옵니다(연결재무제표 작성대상 지배력에서 다뤘습니다).

법인세법은 그 판단을 하지 않습니다. 제2조 제10호의2가 “연결지배”를 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우로 정의하고, 그 선에서 끊습니다(법인세법, 2025-12-23 공포분 기준). 51%로 연결재무제표를 만드는 회사도 연결납세는 쓰지 못합니다.

그래서 “우리는 이미 연결재무제표를 만들고 있으니 연결납세도 되겠지”라는 말이 실무에서 자주 어긋납니다. 두 제도는 같은 단어를 쓸 뿐 묻는 것이 다릅니다. 회계는 누가 통제하는가를 묻고, 세법은 몇 퍼센트를 들고 있는가를 묻습니다.

90%를 세는 방법이 캡테이블과 다릅니다

여기서 스타트업이 실제로 걸립니다. 법 제2조 제10호의2는 보유비율 계산 방법을 네 가지로 못 박아 두었습니다.

첫 줄이 핵심입니다. 의결권 없는 주식까지 포함한다는 말은, 90%를 의결권이 아니라 발행주식 전체를 기준으로 센다는 뜻입니다. 투자 라운드에서 발행한 상환전환우선주도 의결권 유무와 관계없이 그만큼 분모를 키웁니다. 의결권만 놓고 보면 모회사가 사실상 전부를 쥐고 있어도, 우선주를 들고 있는 재무적 투자자가 10%를 넘게 갖고 있으면 연결지배는 성립하지 않습니다. 인수한 회사의 캡테이블에 정리되지 않은 우선주가 남아 있는 상태에서 연결납세를 검토하면, 첫 계산에서 걸립니다.

자기주식은 반대 방향입니다. 분모에서 빠지므로 자기주식을 들고 있는 자회사는 오히려 90% 선에 닿기 쉬워집니다.

아직 행사되지 않은 스톡옵션은 발행된 주식이 아니므로, 법 문언상 행사 전까지는 발행주식총수에 들어가지 않습니다. 행사되면 그만큼 분모가 커지므로, 행사 물량이 큰 회사라면 행사 이후의 지분율로도 90%를 다시 계산해 두어야 합니다. 연결 도중 90% 아래로 내려가면 뒤에서 볼 배제 규정이 적용됩니다.

한 가지 더 있습니다. 시행령 제120조의12 제1항 제4호는 다른 내국법인으로부터 연결지배를 받는 법인을 연결가능모법인에서 제외합니다(법인세법 시행령, 2026-09-30 공포분 기준). 지주회사를 위에 하나 더 올려 둔 구조라면, 중간에 낀 법인은 자기 자회사를 데리고 연결모법인이 될 수 없습니다. 그 법인은 맨 위 모회사의 연결자법인으로만 들어갑니다.

고를 수 없고, 5년 동안 되돌릴 수 없습니다

연결납세를 “적자 자회사만 넣어서 결손금을 쓰는 도구”로 설계할 수 있다고 생각하기 쉬운데, 그 설계는 처음부터 불가능합니다. 법 제76조의8 제1항 후단이 “연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다”고 적고 있기 때문입니다. 90% 이상인 자회사가 셋이면 셋 다 들어옵니다.

들어간 뒤에 나오는 문도 좁습니다.

• 5년 의무적용: 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 포기할 수 없습니다(법 제76조의10 제1항 단서).
• 포기는 3개월 전에: 그 기간이 지난 뒤 그만두려면 적용하지 않으려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 신고해야 합니다(같은 항 본문). 결산을 보고 결정할 수 있는 사안이 아닙니다.
• 취소되면 원칙적으로 소급해서 되돌립니다: 사업연도가 어긋나거나 연결가능자법인 중 일부를 빠뜨리는 등의 사유로 승인이 취소되면(법 제76조의9 제1항), 5년 안에 취소된 경우에는 그동안 다른 연결법인의 결손금과 합했던 소득금액을 익금에 산입해야 합니다(같은 조 제2항 제1호). 다만 결손금을 넘겨받은 대가를 법 제76조의19 제3항·제5항에 따라 연결법인 사이에 정산해 지급했다면 익금에 산입하지 않습니다(같은 호 단서).
• 재입장도 막힙니다: 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지 같은 모법인으로는 다시 연결납세를 적용받을 수 없습니다(같은 조 제3항).

자회사를 추가로 만들거나 인수하면 선택의 여지 없이 편입됩니다. 새로 연결지배하게 된 내국법인은 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터, 설립등기일부터 연결지배한 법인은 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용해야 합니다(법 제76조의11 제1항·제2항). 반대로 지분이 90% 아래로 내려가거나 해산하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도 개시일부터 빠지고(법 제76조의12 제1항), 5년 안이라면 취소 때와 같은 소급 익금·손금 산입이 원칙적으로 따라옵니다(같은 조 제2항).

신청서는 사업연도가 시작되고 열흘 안에 들어가야 합니다

기한이 짧고, 무엇보다 앞쪽에 붙어 있습니다.

시행령 제120조의13은 세 가지를 정합니다. 첫째, 신청서는 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 납세지 관할세무서장을 경유해 관할지방국세청장에게 제출합니다(제1항). 둘째, 신청서를 낼 때 연결사업연도를 함께 신고해야 하고, 사업연도가 다른 법인은 그 제출로 사업연도 변경을 신고한 것으로 봅니다(제2항). 셋째, 지방국세청장은 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지해야 하며, 그날까지 통지하지 않으면 승인한 것으로 봅니다(제3항).

12월 결산법인이 2027 사업연도부터 적용하려면 원래 마감은 2027년 1월 10일입니다. 다만 그날이 일요일이어서 국세기본법 제5조 제1항에 따라 다음 날인 1월 11일까지 낼 수 있습니다. 그런데 법 제76조의8 제2항이 연결법인 전원의 사업연도가 연결사업연도와 일치할 것을 요구하므로, 결산월이 다른 자회사가 하나라도 있으면 그 정리가 선행되어야 합니다. 인수 직후의 자회사는 결산월이 다른 경우가 흔합니다. 그래서 이 결정은 1월 초의 서류 작업이 아니라 전년도 4분기의 구조 결정입니다.

합쳐진 결손금에는 한도가 붙습니다

여기가 이 제도의 실제 효용이 갈리는 자리입니다.

연결과세표준은 각 연결사업연도 소득에서 결손금·비과세소득·소득공제액을 차례로 뺀 금액이고, 그 결손금에는 연결납세방식 적용 전에 발생한 결손금도 포함됩니다(법 제76조의13 제1항 제1호). 여기까지만 읽으면 자회사가 쌓아 둔 이월결손금을 모회사 흑자에서 빼는 그림이 됩니다.

제3항이 그 그림을 좁힙니다. 연결 전에 발생한 결손금은 “각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득”(연결소득 개별귀속액)을 한도로만 공제됩니다(제3항 제1호). 즉 자회사의 과거 적자는 자회사 자신이 그해 번 소득까지만 씁니다. 모회사 흑자를 상쇄하지 못합니다.

가정 예시로 보면 이렇습니다. 모회사의 연결소득 개별귀속액이 12억, 자회사가 3억이어서 각 연결사업연도 소득이 15억이고, 자회사에는 연결 전 이월결손금 15억이 있으며, 자회사는 중소기업 규정을 적용받는다고 가정합니다. 이때 공제되는 금액은 15억이 아니라 3억입니다. 나머지 12억은 다음 해로 넘어갑니다.

한도가 하나 더 있습니다. 제1항 단서는 이 결손금 공제를 연결소득 개별귀속액의 100분의 80으로 제한하고, 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등에 대해서만 100분의 100을 허용합니다. 중소기업 규정을 적용받지 못하면 위 예시의 3억은 2.4억이 됩니다.

여기서 연결소득 개별귀속액은 각 연결사업연도 소득을 흑자인 연결법인들의 소득 비율대로 나눈 금액입니다(시행령 제120조의17 제4항). 그래서 다른 연결법인에 적자가 있으면 각 연결사업연도 소득이 줄어드는 만큼 자회사 몫도 줄어듭니다.

덧붙여, 연결법인 간의 거래는 소득 계산 단계에서 조정됩니다. 다른 연결법인에서 받은 수입배당금액은 익금불산입하고, 다른 연결법인에 대한 채권의 대손충당금은 손금불산입하며, 유형자산·무형자산 등을 다른 연결법인에 양도해 생긴 손익은 익금 또는 손금에 산입하지 않습니다(법 제76조의14 제1항 제3호). 그룹 안에서 자산을 옮겨 손익을 만드는 경로는 닫혀 있습니다.

세율 구간과 중소기업 판정이 같이 따라옵니다

연결납세를 검토할 때 대개 계산해 보지 않는 쪽이 여기입니다.

첫째, 세율 구간이 하나로 줄어듭니다. 연결산출세액은 연결과세표준에 법 제55조 제1항의 세율을 적용해 계산합니다(법 제76조의15 제1항). 현행 세율은 과세표준 2억원 이하 10%, 2억원 초과 200억원 이하 구간이 2천만원 + 초과금액의 20%입니다. 이 세율은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다(법인세법 부칙 제5조, 법률 제21217호).

모회사와 자회사가 각각 과세표준 2억원인 경우를 놓고 보겠습니다(연결법인 간 거래는 없다고 가정).

둘 다 흑자인 상태에서 합치면 2억원 구간의 저세율을 한 번밖에 쓰지 못합니다. 결손금 상계 효과가 이 차액을 넘지 못하면 연결납세는 손해입니다.

둘째, 중소기업 판정이 법인 단위에서 집단 단위로 옮겨 갑니다. 법 제76조의22 제1항은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 그 집단이 중소기업·중견기업에 해당하는지를 먼저 판정하고, 그 결과에 따라 각 연결법인에 적용할 규정을 정합니다. 집단 전체가 중소기업 범위를 벗어나면, 개별 법인이 여전히 중소기업이어도 중소기업 규정으로 돌아가지 않습니다.

이 전환에는 완충이 붙어 있습니다. 제2항은 직전 사업연도에 중소기업이던 법인이 연결납세를 적용함에 따라 중소기업 규정을 적용받지 못하게 되는 경우, 최초 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 연결사업연도까지 중소기업 규정을 적용한다고 정합니다. 유예가 있다는 것은 뒤집어 말하면 유예가 끝나면 실제로 잃는다는 뜻입니다.

셋째, 최저한세는 집단 단위, 세액공제는 법인 단위입니다. 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별로 계산한 금액의 합계로 하되(법 제76조의16 제1항), 최저한세는 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 조세특례제한법 제132조 제1항을 적용합니다(같은 조 제2항). 최저한세율은 중소기업 7%, 과세표준 100억원 이하 부분 10%, 100억원 초과 1천억원 이하 부분 12%, 1천억원 초과 부분 17%입니다(조세특례제한법 제132조 제1항, 2026-03-17 공포분 기준). 집단 기준으로 중소기업에서 벗어나면 중소기업 최저한세율 7%를 적용받지 못할 수 있고, 그만큼 배제되는 세액공제가 늘어납니다. 제76조의22 제2항의 유예가 이 연결집단 단위 최저한세에도 미치는지는 조문만으로 확정되지 않으므로, 신청 전에 따로 확인해야 합니다.

연결납세는 세금을 줄이는 도구가 아니라 과세단위를 바꾸는 결정입니다. 결손금이 합쳐지는 만큼 세율 구간과 중소기업 지위도 합쳐지고, 5년 동안 되돌릴 수 없습니다.

그래서 언제 검토해야 하는가

순서를 정리하면 이렇습니다. 자회사 지분이 90% 이상인지 확인하고(의결권 없는 우선주까지 포함해서), 90% 이상인 자회사가 하나가 아니라면 전부를 넣었을 때의 합산 손익을 계산하고, 연결법인 전원의 사업연도를 맞출 수 있는지 보고, 결손금 상계로 얻는 금액이 세율 구간 축소와 중소기업 지위 상실로 잃는 금액보다 큰지 비교합니다. 그 계산이 끝나야 신청서를 쓸 수 있습니다.

기한은 사업연도 개시일부터 10일입니다. 12월 결산법인이라면 1월 10일이고, 그 열흘 안에는 계산할 시간이 없습니다. 이 결정이 4분기의 일인 이유입니다.

인수 구조를 짤 때 이미 답이 반쯤 정해지기도 합니다. 지분을 90%까지 가져오지 않고 85%에서 멈추면 연결납세의 문은 열리지 않고(적격합병 이월결손금 승계에서 다룬 합병처럼 결손금이 법인 사이를 옮겨 가는 경로와도 다릅니다), 반대로 이미 연결납세를 적용하고 있는 회사가 인수 대상 지분을 90% 이상 가져오면, 다음 연결사업연도부터 인수한 회사를 연결에 넣는 것은 선택이 아니라 의무가 됩니다(법 제76조의11 제1항). 결손금을 어디서 쓸지는 이월결손금에서 본 것처럼 늘 한도의 문제이고, 연결납세에서는 그 한도가 법인별로 다시 그어집니다.