대기업 CVC 투자를 받으면 지분 15%로도 계열회사로 편입됩니다 — 그때 무너지는 건 중소기업기본법상 지위가 아니라 조세특례제한법상 지위이고, 이쪽에는 5년 졸업유예가 붙지 않습니다

전자 대기업의 CVC가 시드 라운드에 15%로 들어왔습니다. 지분율만 보면 최다출자자는 여전히 창업자이고, 중소기업 확인서도 그대로 나오고, 벤처기업 확인도 유지됩니다. 그런데 다음 해 법인세 신고서에서 연구·인력개발비 세액공제율이 25%에서 8%로 떨어집니다. 회사에서 달라진 것은 아무것도 없습니다.

30%는 다섯 개의 문 중 하나일 뿐이다

계열회사 판정을 지분율 문제로 기억하고 있다면 절반만 맞습니다. 공정거래법 시행령 제4조 제1항은 “사실상 사업내용을 지배하는 회사”를 두 갈래로 정의하는데, 제1호가 지분 갈래입니다. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합해 발행주식총수의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자인 회사. 대부분의 자료가 여기서 멈춥니다.

제2호가 나머지 갈래이고, 여기에는 지분율이 한 글자도 나오지 않습니다. “동일인이 해당 회사의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사”로서 다음 다섯 가지 중 하나에 해당하면 됩니다.

• 가목: 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 따라 대표이사를 임면한 회사, 또는 임원의 50% 이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사
• 나목: 직접 또는 동일인관련자를 통해 해당 회사의 조직변경 또는 신규사업에 대한 투자 등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하는 회사
• 다목: 동일인이 지배하는 회사와의 임원 겸임, 또는 임직원이 해당 회사 임원으로 갔다가 복직하는 형태의 인사교류가 있는 회사
• 라목: 동일인 또는 동일인관련자와 해당 회사 간에 통상적인 범위를 초과하는 자금·자산·상품·용역 거래 또는 채무보증이 있는 회사
• 마목: 그 밖에 영업상의 표시행위 등으로 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사

전략적 투자자가 텀시트에서 요구하는 항목을 나란히 놓아 보면 겹치는 자리가 보입니다. 이사 1인 지명권은 가목의 “임원 50% 이상 선임”에는 대개 못 미치지만, 이사가 3인인 비상장 스타트업이라면 이야기가 달라집니다. 신규사업 진출·조직변경·중요자산 처분에 대한 사전동의권(protective provisions)은 나목 문언과 거의 그대로 겹칩니다. 공동개발 계약과 독점 공급·구매 계약은 라목의 “통상적인 범위를 초과하는” 거래 판단으로 들어갑니다.

편입 여부를 결정하는 문서는 주주명부가 아니라 텀시트와 주주간계약입니다. 지분율을 15%로 낮춰 협상하면서 사전동의권 목록을 그대로 받아들이면, 낮춘 쪽이 아니라 받아들인 쪽이 판정을 만듭니다.

절차는 회사가 시작하지 않아도 굴러갑니다. 공정거래법 제32조 제1항은 공정거래위원회가 해당 회사의 요청에 의하거나 직권으로 계열회사 해당 여부를 심사해 편입하고 그 내용을 통지하도록 정합니다. 회사가 먼저 심사를 요청하면 제4항에 따라 30일 이내에 결과를 통지받고(공정위가 필요하다고 인정하면 60일 범위에서 연장), 요청하지 않으면 자료제출 요청을 받는 쪽에 서게 됩니다. 제33조는 자료제출을 정당한 이유 없이 거부하거나 거짓 자료를 내서 편입되지 않은 경우 편입·통지된 것으로 본다고 정하고 있어, 회신을 미루는 전략은 소급 편입으로 돌아옵니다.

중소기업기본법은 이 일에 반응하지 않는다 — 그 조문은 삭제됐다

여기서 대부분의 자료가 틀립니다. “대기업집단에 편입되면 중소기업이 아니다”라고 쓴 글이 아직도 검색 상위에 많은데, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 가목은 삭제된 상태입니다. 현행 조문에서 독립성 기준으로 남아 있는 것은 나목과 다목뿐입니다.

• 나목: 자산총액 5천억원 이상인 법인(외국법인 포함, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 자는 제외)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업
• 다목: 관계기업에 속하는 기업으로서 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1 기준에 맞지 않는 기업

15% 투자로는 나목의 30% 문턱을 넘지 않습니다. 그러니 계열회사로 편입되더라도 중소기업 확인서는 그대로 발급되고, 벤처기업 지위도 유지됩니다 — 벤처기업육성에 관한 특별법 제2조의2 제1항 제1호가 요구하는 것은 “중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업일 것”이기 때문입니다. 중기부 라인의 지원사업, 정책자금, 중소기업 판로지원은 흔들리지 않습니다. 이 나목·다목 트랙에서 실제로 중소기업을 졸업하는 경우와 그때 붙는 유예는 중소기업 졸업 독립성 유예에서 다뤘습니다.

문제는 세금이 이 트랙에 있지 않다는 것입니다.

무너지는 건 조세특례제한법 쪽이고, 이쪽엔 유예가 없다

조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호를 그대로 읽어 보겠습니다.

「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입·통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것

관문이 두 개입니다. 앞 문장이 공시대상기업집단 소속 여부, 뒤 문장이 중기법 독립성입니다. 둘 다 통과해야 합니다. 중기법 쪽 관문에는 30% 문턱이 있지만, 앞 문장에는 지분율 요건이 없습니다. 계열회사로 편입되어 통지받은 순간 지분이 15%든 5%든 조세특례제한법상 중소기업이 아닙니다.

여기까지는 “지위가 한 단계 내려간다” 정도로 읽힐 수 있습니다. 실제 타격은 다음 항에 있습니다. 조특령 제2조 제2항은 중소기업이 규모 확대 등으로 요건을 못 갖추게 되면 그 사유가 발생한 과세연도와 그다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 본다는 졸업유예를 두는데, 같은 항 단서 제3호가 이렇게 잘라 냅니다.

다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고 … 3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

제1항 제3호가 방금 읽은 그 조항입니다. 매출이 늘어 규모 기준을 넘는 경우에는 5년(상장법인은 7년)의 유예가 붙지만, 독립성 요건에서 탈락하는 경우에는 유예가 없습니다. 같은 독립성 조항 안에서도 관계기업 합산으로 규모 기준을 넘은 경우(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목)만 예외로 유예가 붙고, 계열편입은 그 예외에서 빠져 있습니다. 편입 통지를 받은 날이 속하는 과세연도부터 곧바로 중소기업이 아닙니다.

두 트랙이 따로 논다는 것은 대법원이 이미 확인했습니다. 중소기업기본법 시행령 부칙의 유예를 들어 조세특례를 주장한 사건에서, 대법원은 “조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다”고 판시하며 원심을 파기했습니다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결). 중소기업 확인서가 손에 들려 있어도 세무조정계산서에서는 다른 판정이 나온다는 뜻입니다.

매출이 커져서 졸업하면 5년을 벌지만, 대기업이 들어와서 졸업하면 그해에 끝납니다. 같은 ‘중소기업 탈락’인데 완충장치의 유무가 정반대입니다.

세 개의 계단 — 투자자가 어느 집단에 속하느냐로 공제율이 정해진다

그래서 실사할 대상은 투자자의 지분율이 아니라 투자자가 속한 기업집단의 지정 유형입니다. 2026년 5월 1일 공정거래위원회 지정 기준으로 자산총액 5조원 이상인 102개 집단이 공시대상기업집단이고, 이 중 자산총액 12조원 이상인 47개 집단이 상호출자제한기업집단입니다. 12조원은 고정된 숫자가 아닙니다. 공정거래법 제31조 제1항이 이 기준을 명목 국내총생산의 1천분의 5로 정해 두어서 해마다 달라지는데, 2026년에는 명목 GDP 확정치 2,408.7조원의 0.5%가 12조원이 됐습니다. 계단이 세 개 생깁니다.

첫째 계단 — 투자자 기업집단의 자산총액이 5조원 미만. 애초에 공시대상기업집단 지정 대상이 아니므로 조특령 제2조 제1항 제3호 앞 문장이 걸리지 않습니다. 중기법 30% 관문만 보면 되고, 15% 투자면 조세특례제한법상 중소기업이 유지됩니다. 일반 연구·인력개발비 세액공제율은 25%(증가분 방식 선택 시 50%), 통합투자세액공제 일반자산 기본공제율은 10% 그대로입니다.

둘째 계단 — 공시대상기업집단이지만 상호출자제한기업집단은 아닌 경우. 편입 통지일이 속한 과세연도부터 조세특례제한법상 중소기업이 아닙니다. 다만 중견기업으로는 착지할 수 있습니다. 조특령 제9조 제4항이 정의하는 중견기업 요건 중 독립성은 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조 제2항 제1호를 따르는데, 그 가목이 배제하는 것은 공시대상기업집단이 아니라 상호출자제한기업집단입니다. 이 계단에서 R&D 공제율은 8%, 통합투자세액공제 일반자산은 5%로 내려앉습니다.

셋째 계단 — 상호출자제한기업집단. 중견기업 요건의 가목에 걸려 중견기업도 아닙니다. 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 4)의 “그 밖의 경우”로 떨어지는데, 공제율이 정률이 아니라 해당 과세연도 수입금액에서 일반 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1이고 한도가 2%입니다. 통합투자세액공제 일반자산은 1%입니다.

일반 연구·인력개발비가 연 20억원인 회사라면 첫째 계단에서 5억원이던 세액공제가 둘째 계단에서 1억 6천만원, 셋째 계단에서는 4천만원이 됩니다. 셋째 계단의 공제율은 정률이 아니라 계산식(수입금액 대비 R&D 비율 × 1/2)이지만, R&D를 그만큼 쓰는 회사는 계산 결과가 거의 언제나 한도 2%에 걸립니다(연구개발비 세액공제에서 25%일 때의 계산 구조를 다뤘습니다). 통합투자세액공제도 같은 계단을 따라 내려갑니다(통합투자세액공제 리스). 창업중소기업 세액감면(조특법 제6조, 창업중소기업 세액감면)과 중소기업 특별세액감면(제7조)처럼 중소기업일 것을 요건으로 하는 감면도 같은 시점에 함께 닫힙니다.

중소기업에서 내려올 때 충격을 줄여 주는 완충 구간이 조문에 있기는 합니다. 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2)가 3년간 20%, 그 뒤 2년간 15%로 단계적으로 낮추고, 통합투자세액공제에도 3년간 7.5% 구간이 있습니다. 그런데 이 계단에서는 그 문이 열리지 않습니다. 통로를 정의하는 조특령 제9조 제8항이 대상을 “제2조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 사유”로 한정하는데, 계열편입은 같은 항 단서 제3호 사유이기 때문입니다. 통합투자세액공제 쪽도 조특령 제21조 제15항이 똑같이 막아 두었습니다. 그래서 25%에서 20%를 거치지 않고 곧바로 8%로, 10%에서 7.5%를 건너뛰고 곧바로 5%로 떨어집니다.

창업중소기업 세액감면은 감면기간이 남아 있어도 그 자리에서 멈춥니다. 조특법 제6조 제11항이 “해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다”고 정하고, 여기서 말하는 사유를 조특령 제5조가 조특령 제2조 제2항 각 호로 지목하는데 계열편입이 그중 제3호입니다. 다만 멈추는 것이지 되돌리는 것은 아닙니다. 이미 받은 감면세액을 추징하는 조항은 없고, 남은 감면기간이 사라질 뿐입니다.

빠져나오는 문은 있다 — 다만 자동이 아니라 신청주의다

공정거래법 시행령 제5조 제2항 제5호가 그 문입니다. 벤처·혁신기업을 위해 만들어진 조항이라 요건이 스타트업 상황에 맞춰져 있습니다.

• 가목: 제4조 제1항 요건에 해당하게 된 날의 전날을 기준으로 ① 연간 매출액 대비 연간 연구개발비 비율이 3% 이상인 중소기업이거나 ② 벤처기업일 것
• 나목: 동일인 또는 동일인관련자가 해당 회사의 사업내용을 지배하는 자와 합의하여 주식을 취득·소유해 요건에 해당하게 된 날부터 7년 이내일 것. 다만 벤처지주회사의 자회사이거나, 일반지주회사의 자회사인 벤처투자회사·신기술사업금융전문회사가 투자한 회사(투자조합의 업무집행을 통한 투자 포함)이면 10년
• 다목·라목: 해당 회사가 동일인이 지배하는 회사에 출자하고 있지 않을 것, 그 회사들과 채무보증 관계가 없을 것
• 마목: 요건해당일 이후 법 제45조 제1항 제9호(부당지원)·제45조 제2항·제47조(사익편취) 위반으로 시정조치나 과징금을 받은 사실이 없을 것

세 가지를 놓치기 쉽습니다.

첫째, 제5조 제2항 본문은 “이해관계자의 요청에 따라 … 제외할 수 있다”입니다. 신청주의이고 재량 규정입니다. 요건을 충족한다고 자동으로 빠지지 않으므로, 라운드 클로징과 함께 제외 요청 일정을 잡아야 합니다.

둘째, 가목의 판정 기준일이 요건해당일의 전날입니다. 투자가 집행되어 계열회사 요건에 해당하게 된 바로 그 시점이 아니라 그 전날에 벤처기업이거나 R&D 비율 3% 이상 중소기업이어야 합니다. 벤처기업 확인이 클로징 직후로 밀려 있으면 순서가 어긋납니다. 그리고 R&D 비율로 가는 경우 같은 조 제5항이 공인회계사의 확인을 받은 서류를 요구합니다.

셋째, 10년 트랙은 아무 CVC에나 붙지 않습니다. 조문이 지정한 것은 일반지주회사의 자회사인 벤처투자회사 또는 신기술사업금융전문회사입니다. 지주회사 체제 밖에서 사업회사가 직접 투자하거나 해외 본사가 직접 들어오는 구조라면 7년입니다.

제외를 받으면 조세특례제한법상 중소기업으로 돌아옵니다. 국세청은 기업집단에서 제외되어 중소기업에 해당하게 된 때에는 “그 통지를 받은 날이 속하는 과세연도부터” 중소기업으로 본다고 회신해 왔습니다(법인세과-967, 2021. 4. 30. / 법인46012-44). 기준선은 제외를 요청한 날이 아니라 통지를 받은 날이고, 반대 방향인 편입도 같은 기준으로 봅니다.

여기에 반드시 붙여 읽어야 할 단서가 있습니다. 제외 결정이 열어 주는 것은 조특령 제2조 제1항 제3호의 앞 문장뿐입니다. 뒤 문장, 그러니까 자산총액 5천억원 이상인 법인이 지분 30% 이상을 보유하면서 최다출자자인지는 따로 걸립니다. 실제로 모회사가 지분 100%를 인수한 뒤 계열편입 유예를 승인받아 상호출자제한기업집단에서 제외된 회사에 대해, 국세청은 제외 통지를 받았더라도 뒤 문장을 충족하지 못하면 조세특례제한법상 중소기업이 아니고 유예도 적용되지 않는다고 회신했습니다(법인세과-1206, 2025. 8. 29.). 15%에서는 두 문장을 모두 통과하지만, 후속 라운드에서 그 투자자의 지분이 30%를 넘고 최다출자자가 되는 순간 제외 결정은 세제에서 힘을 잃습니다.

제외를 받아도 따라오는 것 — 그리고 그날부터 적용되는 것

시행령 제5조 제2항 단서를 반드시 같이 읽어야 합니다. 제5호 회사에 대해 법 제47조(특수관계인에 대한 부당한 이익제공 등 금지)를 적용하는 경우에는 기업집단의 범위에 속하는 것으로 본다. 7년 또는 10년의 제외를 받아 각종 규제에서 빠져도, 사익편취 조항은 첫날부터 그대로 적용된다는 뜻입니다.

다만 제47조 제1항 본문이 대상을 “공시대상기업집단(동일인이 자연인인 기업집단으로 한정한다)에 속하는 국내 회사”로 좁히고 있어, 동일인이 법인인 기업집단이라면 이 조항 자체가 걸리지 않습니다. 상대방 범위도 특수관계인(동일인 및 그 친족), 동일인 등이 20% 이상을 소유한 국내 계열회사, 그 계열회사가 50%를 초과해 소유한 국내 계열회사로 한정됩니다. 투자자와의 통상적인 사업 거래가 곧바로 여기 걸리는 것은 아니지만, 총수 일가나 그 지분율에 해당하는 계열사와의 거래가 있다면 조건과 근거를 남겨 둘 필요가 있습니다.

적용 시점은 법 제31조 제2항이 정합니다. 제21조부터 제30조까지 및 제47조는 통지를 받은 날부터 적용됩니다(제32조 제4항에 따른 편입 통지 포함). 편입 사유가 발생한 날이 아니라 통지일이 기준선이므로, 심사를 먼저 요청해 통지 시점을 관리하는 것과 자료 요청을 받고 나서 대응하는 것은 결과가 다릅니다.

제27조(비상장회사 등의 중요사항 공시)와 제28조(기업집단현황 등에 관한 공시)는 적용 대상을 “자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사”로 한정하고 있어, 편입되었다고 해서 모든 계열사가 곧바로 공시 의무를 지는 것은 아닙니다. 다만 기준 이상으로 커지면 비상장회사에도 최대주주·주요주주 주식소유 현황과 그 변동, 자산·주식의 취득·증여·담보제공, 영업양수도·합병·분할 같은 항목의 공시 의무가 붙습니다.

그래서 텀시트 단계에서 확인할 세 가지

첫째, 투자자가 속한 기업집단의 자산총액입니다. 5조원 미만이면 세제 계단이 시작되지 않습니다. 5조원 이상이면 상호출자제한기업집단(12조원 이상)인지까지 확인해야 합니다. 공정거래위원회가 매년 5월 1일 지정 결과를 공표하므로 확인 가능한 정보입니다. 2026년 지정에서 라인·토스·한국콜마·오리온·웅진 등이 새로 공시대상기업집단에 들어왔습니다 — “대기업”의 경계는 CFO가 짐작하는 것보다 넓습니다.

둘째, 텀시트의 권리 조항이 공정거래법 시행령 제4조 제1항 제2호 어느 목에 대응하는지입니다. 지분율을 깎는 협상보다 사전동의권 범위와 이사 지명 구조를 조정하는 편이 편입 판정에 직접 작용합니다. 특히 이사회 정원이 3인일 때 1인 지명권의 의미는 정원이 7인일 때와 다릅니다.

셋째, 제외 요청 요건을 클로징 전날 기준으로 충족하고 있는지입니다. 벤처기업 확인의 유효기간, R&D 비율 3% 산정과 공인회계사 확인서, 동일인 지배회사에 대한 출자·채무보증의 부존재. 이 세 가지는 클로징 이후에 만들 수 없습니다.

투자를 받지 말라는 이야기가 아닙니다. 전략적 투자자가 가져오는 판로와 공동개발의 값이 R&D 공제율 17%포인트보다 큰 경우는 많습니다. 다만 그 계산을 투자 조건을 확정하기 전에 한 번은 해야 하고, 계산에 넣을 숫자는 지분율이 아니라 상대방 기업집단의 자산총액이라는 것입니다.