과제가 끝난 지 2년쯤 지나 첫 제품이 팔리면, 그 해 결산에서 처음 보는 항목이 하나 생깁니다. 기술을 남에게 판 적이 없어도 정부에 내야 하는 돈입니다. 출연금을 ‘갚지 않는 돈’으로 알고 시작했다면, 그 전제가 틀리는 때는 사업이 실패했을 때가 아니라 잘됐을 때입니다.
💡 한 줄 요약 — 정부납부기술료는 남에게 기술을 쓰게 하고 기술료를 받았을 때뿐 아니라, 성과를 직접 써서 수익을 냈을 때도 냅니다. 금액은 매출에 연동됩니다. 중소기업이 성과를 직접 실시한 경우 매출액 × 기술기여도 × 2.5%(2024년 12월 31일 전에 협약한 과제는 5%)이고, 상한은 정부지원연구개발비의 10%입니다. 매출액 × 기술기여도 × 2.5%(2024년 12월 31일 전에 협약한 과제는 5%)로 계산합니다. 정부지원연구개발비의 10%가 상한입니다. 다만 충당부채 기준서로 보면, 첫 매출 전까지는 부채 인식 요건을 채우지 못합니다.
📋 목차
성과를 직접 써서 수익을 낸 기업도 냅니다
정부납부기술료는 기술을 남에게 팔지 않아도 납부 대상이 됩니다. ‘기술이전 때 정부와 나누는 몫’으로만 이해하면 대부분의 스타트업은 놓치기 쉽습니다.
납부 사유는 두 가지입니다. 남에게 실시권(기술을 사용할 권리)을 주고 기술료를 받은 경우가 하나입니다. 다른 하나는 회사가 성과를 직접 써서 수익을 낸 경우입니다.
과제로 개발한 기술이 그대로 우리 제품이 되어 팔리는 경우가 후자입니다. 스타트업 과제의 대부분이 여기에 들어갑니다. 라이선스 계약서를 쓴 적이 없다는 사실은 방어가 되지 않습니다.
대상은 성과를 소유한 중소기업·중견기업·공기업 등·그 밖의 기업입니다. 규모와 관계없이 성과를 소유한 기업이면 납부 대상입니다. 대학이나 출연연구기관은 이 목록에 들어 있지 않습니다.
근거: 상법 제169조, 국가연구개발혁신법 제18조 제2항, 국가연구개발혁신법 시행령 제38조 제2항·제19조 제1항 각 호
직접 실시할 때만 매출에 기술기여도를 곱합니다
기술료를 받았다면 징수액에, 직접 실시했다면 매출액과 기술기여도에 요율을 곱합니다. 기술기여도는 협약으로 정한 비율입니다.
| 구분 | 기술료를 징수한 경우 | 성과를 직접 실시한 경우 |
|---|---|---|
| 모수 | 기술료 징수액 | 연구개발성과로 인한 수익 금액 |
| 기술기여도 | 곱하지 않음 | 곱함(협약으로 정한 비율) |
| 요율 — 중소기업 | 2.5% | 2.5% |
| 요율 — 중견기업 | 5% | 5% |
| 요율 — 공기업 등·그 밖의 기업 | 10% | 10% |
| 상한 — 중소기업 | 정부지원연구개발비의 10% | 정부지원연구개발비의 10% |
| 상한 — 중견기업 | 20% | 20% |
| 상한 — 공기업 등·그 밖의 기업 | 40% | 40% |
표는 2024년 12월 31일 시행령 개정으로 절반이 된 현행 요율입니다. 그 전에 협약한 과제에는 종전 요율이 적용됩니다. 계산에 앞서 협약 체결일부터 확인해야 합니다.
종전 요율은 중소기업 5%, 중견기업 10%, 공기업 등·그 밖의 기업 20%입니다. 상한 비율은 지금과 같습니다.
실무에서 판단이 갈리는 변수는 요율보다 기술기여도입니다. 시행령은 이 비율을 중앙행정기관의 장과 연구개발기관의 장이 과제 협약으로 정한 비율이라고만 적습니다. 법정 수치가 없으므로 금액의 절반은 이미 협약서에 적혀 있습니다.
과제를 수주할 때 아무도 읽지 않고 넘긴 조항이 몇 해 뒤 청구서의 곱셈 인자가 됩니다.
정부지원연구개발비 5억원을 받은 중소기업을 예로 보겠습니다. 2025년에 기술기여도 30%로 협약했고, 과제 성과로 만든 제품이 팔리기 시작했다고 하겠습니다.
| 연차 | 해당 매출 | 산식 | 그 해 납부액 | 누적 |
|---|---|---|---|---|
| 1년차 | 10억원 | 10억 × 30% × 2.5% | 750만원 | 750만원 |
| 2년차 | 20억원 | 20억 × 30% × 2.5% | 1,500만원 | 2,250만원 |
| 3년차 | 30억원 | 30억 × 30% × 2.5% | 2,250만원 | 4,500만원 |
| 4년차 | 40억원 | 상한 잔여분 | 500만원 | 5,000만원(상한) |
상한은 납부기간 전체의 총액 기준입니다. 정부지원연구개발비 5억원의 10%인 5,000만원에 닿으면 매출이 늘어도 더 내지 않습니다.
같은 매출이라도 2024년 12월 31일 전에 협약했다면 종전 요율 5%가 적용됩니다. 이때는 1,500만원, 3,000만원을 낸 뒤 3년차에 500만원을 내면 상한에 닿습니다.
상한에 해당하는 금액을 낼 때는 미리 문서로 알리고 매출액 관련 자료를 내지 않을 수 있습니다. 빠르게 성장하는 회사라면 매년 자료를 내며 5년을 끌기보다 상한액을 먼저 정리하는 편이 나은 구간이 있습니다. 어차피 상한까지 낼 매출이라면 절차가 줄고, 부처에 따라 감경 규정도 있습니다.
납부기간에도 끝이 있습니다. 수익이 처음 발생한 해의 다음 해부터 5년이 되는 날과 과제 종료일부터 7년이 되는 날 중 먼저 오는 날까지입니다. 과제 종료 후 매출이 늦게 붙을수록 실제 납부기간은 짧아집니다.
근거: 국가연구개발혁신법 시행령 제38조 제3항·제39조 제2항·제39조 제3항, 2024년 12월 31일 개정 시행령 부칙 제3조·제4조
충당부채로 보면 첫 매출 전에는 잡지 않습니다
충당부채의 틀로 보면, 협약 체결 시점에는 부채를 잡지 않습니다. 근거는 인식 요건 중 하나인 ‘과거사건으로 생긴 현재의무’입니다.
회계기준은 충당부채 인식에 세 요건을 요구합니다. 그중 과거사건은 회사의 미래 사업행위와 관계없이 의무를 발생시킨 사건이어야 합니다.
정부납부기술료는 매출이 발생해야 금액이 생깁니다. 제품을 팔지 않으면 납부액은 0이므로, 의무의 존재가 회사의 미래 행위에 달려 있습니다. 미래 영업에서 생길 원가는 충당부채로 잡지 않습니다.
일반기업회계기준을 적용하는 회사도 같습니다. 충당부채를 인식하려면 과거사건이 회사의 미래 행위와 독립적이어야 합니다.
이 틀에서 의무발생사건은 협약 체결이나 과제 종료가 아니라 매출 발생입니다. 첫 매출이 난 해의 결산에서 비로소 부채를 잡습니다. 그 전에는 몇 년간 협약서가 있어도 재무상태표에 이 의무가 나타나지 않습니다.
다만 이것은 기술료를 충당부채의 틀로 볼 때의 결론입니다. 출연금을 ‘성공하면 일부를 돌려주는 돈’으로 보는 처리도 있습니다. 이때는 받을 때 기술료 몫을 부채로 잡습니다. 정부지원금 매출 익금에서 기술료 조건이 붙은 출연금을 부채로 본 것도 이 시각입니다.
지금은 매출이 없으면 납부액도 0이 되는 방식입니다. 어느 처리를 택할지는 결산 전에 감사인과 맞춰 두는 편이 안전합니다.
받을 때 부채로 잡았다면, 그 계정과목이 세무에서 어떻게 읽히는지도 봐야 합니다. 한 심판사건의 청구법인은 출연금의 40%를 기술료로 반환하기로 미리 약정했습니다. 그 몫은 장기미지급금이라는 부채로 계상했습니다.
이후 회사는 출연금을 무상으로 받은 자산으로 보아 이월결손금 보전에 쓰겠다며 경정청구를 했습니다. 처분청은 기술료 몫을 반환금으로 보아 받아들이지 않았습니다. 심판원도 장기미지급금으로 계상한 점 등을 들어 무상으로 받은 것으로 보기 어렵다며 기각했습니다.
회계에서 붙인 계정과목이 세무에서 돈의 성격을 판단하는 증거로 쓰인 사례입니다.
근거: K-IFRS 제1037호 문단 14, K-IFRS 제1037호 문단 19, K-IFRS 제1037호 문단 18, 일반기업회계기준 실무지침 실14.3, 조심 2018서3667
기술료 손금 처리는 출연금 처리에 따라 갈립니다
기술료는 손금(세법상 비용)이 되지만, 출연금을 처음 처리한 방식에 따라 조정 경로가 다릅니다. 우선 정부납부기술료는 세금과 공과금 중 손금에서 제외하는 항목에 걸리지 않습니다.
세법은 손금에 넣지 않는 세금과 공과금을 여섯 가지로 정합니다. 그중 공과금 관련 항목은 두 가지입니다. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이 하나입니다. 다른 하나는 의무 불이행이나 금지·제한 위반을 이유로 부과되는 공과금입니다. 정부납부기술료는 법률상 의무이고 위반에 대한 제재도 아니므로 둘 다 아닙니다.
문제는 비용을 인정받는 시기입니다. 세법은 익금(세법상 수익)과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도에 그 손익을 귀속시킵니다.
이 제도는 매출이 난 해에 금액을 계산하고, 다음 해 6월 30일까지 매출자료를 냅니다. 고지서를 받은 뒤에는 90일 이내에 납부합니다. 사업연도가 최소 한 번 넘어가는 구조입니다.
조세심판원은 출연금 중 기술료로 돌려주는 금액의 처리 시점을 판단한 바 있습니다. 반환통지나 기술료 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 익금에서 빼거나 손금에 넣는다는 판단입니다.
출연금의 30%를 성공기술료로 내던 사건이라 지금의 매출 연동 방식을 직접 다룬 해석은 아닙니다. 다만 고지서로 금액을 정하는 구조는 같습니다. 매출이 난 해에 회계상 비용으로 잡았다면, 세무에서는 고지를 받은 해로 손금을 넘기는 조정이 생길 수 있습니다.
다음은 출연금을 받을 때 기술료 몫을 어떻게 처리했는지입니다. 과세이연 특례를 쓰지 않았다면, 세무에서는 교부통지를 받은 해에 출연금 전액을 익금에 넣습니다. 나중에 돌려줄 몫이 있어도 같습니다(정부지원금 매출 익금).
회계에서도 기술료 몫을 부채로 잡지 않았다면, 고지를 받은 해에 기술료를 손금으로 처리합니다. 반대로 받을 때 장기미지급금으로 잡았다면, 그 몫은 세무상 유보로 남습니다. 유보는 회계와 세무의 차이를 나중에 조정하도록 남겨 두는 항목입니다.
이때 납부하는 기술료는 새 비용이 아니라 기존 유보를 되돌리는 조정입니다. 앞선 장기미지급금 사건에서도 처분청은 기술료 납부액을 당초 유보의 소멸(추인) 조정으로 봤습니다. 같은 납부액이어도 세무조정표에 들어가는 자리가 다릅니다.
근거: 법인세법 제21조 제4호·제5호, 법인세법 제40조 제1항, 조세특례제한법 제10조의2, 조심 2009중3266, 조심 2018서3667
부처별 납부 규정에 따라 현금 일정이 달라집니다
요율과 상한은 같아도 납부 방법과 유예·감면은 부처마다 다릅니다. 시행령이 요율과 상한을 정하고, 부처 고시가 납부 방법 등을 따로 정하기 때문입니다.
현재 병존하는 것만 해도 산업통상부와 기후에너지환경부의 「기술료 징수 및 관리에 관한 통합요령」이 있습니다. 중소벤처기업부에는 「중소기업기술개발 지원사업 기술료 관리규정」이 있습니다. 해양수산부 규정과 방위사업청 고시도 함께 존재합니다.
차이는 실제 납부 일정과 비용에 영향을 줍니다.
| 산업통상부 통합요령 | 중소벤처기업부 관리규정 | |
|---|---|---|
| 납부 수단 | 현금만(제9조 제1항) | 현금 또는 신용카드(제4조 제2항) |
| 분할납부 | 최대 3회, 지급이행보증보험증권 또는 공증약속어음 담보 제공(제9조 제2항·제3항) | 별표 기준에 따른 징수유예·분할납부(제5조) |
| 상한액 일시 납부 | — | 확정 통보일부터 90일 내 현금 일시 납부 시 총액의 20% 감경 가능(제6조 제4항) |
| 상한 특례 | 소재·부품·장비 협력모델 참여기업은 기업 유형과 무관하게 10%(제7조 제1항) | — |
산업통상부 통합요령처럼 분할납부에 보증보험이나 공증약속어음 담보를 요구하는 경우, 나눠 내는 대신 보증 한도를 쓰고 비용을 부담하게 됩니다. 이는 재무제표 밖에서 일어나는 일이라 예산에 잡히지 않습니다.
중기부 과제는 상한액을 한꺼번에 내면 20%를 줄일 수 있는 길이 있습니다. 위 예시의 5,000만원이 4,000만원까지 줄어들 수 있습니다. 감경 여부는 전문기관이 정합니다.
요율은 법에서, 금액은 협약서의 기술기여도에서, 현금 일정은 부처 고시에서 정해집니다. 셋을 함께 봐야 계산이 맞습니다.
근거: 산업통상부 통합요령 제9조 제1항·제9조 제2항·제3항·제7조 제1항, 중소벤처기업부 관리규정 제4조 제2항·제5조·제6조 제4항
인수 실사에서는 기술료도 장래 현금유출로 봅니다
매출이 막 붙기 시작한 회사의 투자·인수 실사에서는 정부납부기술료도 장래 현금유출로 계산됩니다. 재무제표보다 과제 협약서와 기술료 납부 확약서에서 먼저 발견되는 항목입니다.
확약서가 우발부채 항목으로 옮겨 가는 구조는 소송 확약과 같습니다(소송충당부채 확약서 우발부채공시).
산업통상부 통합요령은 다음과 같은 양도·양수 계약을 정합니다. 기술료 납부의무기관이 과제 종료 후 영업양도·합병 등으로 별도의 기업과 체결하는 계약입니다. 이때 양도 대상 의무에 기술료 납부 의무를 포함하도록 합니다.
행정규칙이므로 법률과 같은 무게로 읽을 것은 아닙니다. 다만 거래 구조를 고를 때는 실질적인 제약으로 작동합니다.
영업양수도로 사업을 통째로 넘기면 앞으로 낼 기술료도 함께 넘어갑니다. 주식양수도라면 회사가 그대로 부담합니다(주식양수도 영업양수도 세금차이). 어느 쪽이든 인수자가 계산에 넣으므로, 매도인이 먼저 정리해 두는 편이 협상에 유리합니다.
실사 전에 확인할 것은 세 가지입니다. 먼저 협약서의 기술기여도와 협약 체결일입니다. 2024년 12월 31일 전후로 요율이 다릅니다.
다음은 상한을 결정하는 정부지원연구개발비 총액입니다. 마지막은 성과를 적용한 제품의 첫 매출일입니다. 셋이 있으면 앞으로의 납부액 추이와 종료 시점을 계산할 수 있습니다.
가지급금·가수금처럼 실사에서 반드시 묻는 항목은 아닙니다. 그래도 질문을 받았을 때 답이 준비돼 있는지는 회사의 수준을 보여 줍니다(재무실사 가지급금 가수금).
출연금으로 쓴 돈은 R&D 세액공제 모수에서 빼야 합니다. 이는 받아 쓸 때의 정산입니다(출연금 연구개발비 세액공제 제외). 정부납부기술료는 성공한 뒤의 정산입니다.
두 정산 사이에는 몇 해가 있어, 받을 때와 낼 때 계산하는 사람이 대개 다릅니다. 지금 협약서를 한 번 열어 두면 그 사이의 단절을 메울 수 있습니다.
근거: 산업통상부 통합요령 제14조 제2항
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