특허가 창업자 개인 이름이면 법인으로 옮기는 순간 세금이 생깁니다 — 세법은 그 대가를 기타소득으로 보아 60%를 경비로 빼주는데, 과세관청이 먼저 묻는 것은 금액이 아니라 그 발명이 직무발명인지입니다

투자 실사 자료를 모으다 보면 특허등록원부가 한 장 나온다. 권리자란에 회사 이름이 아니라 대표 개인 이름이 적혀 있다. 여기까지는 흔한 일이고 고치는 방법도 명확하다 — 회사로 넘기면 된다. 문제는 그 ‘넘기는’ 행위가 세법에서는 자산을 판 거래이고, 세금이 얼마인지를 정하는 것은 양수도계약서에 적은 금액이 아니라는 데 있다.

특허를 파는 것은 주식을 파는 것과 다릅니다

비상장주식을 팔면 양도소득세다. 이 감각 때문에 특허도 양도소득이라고 생각하기 쉬운데, 소득세법 §94①이 정한 양도소득 대상 자산 목록에 특허권은 없다. 4호 가목에 영업권이 들어 있긴 하지만 그것은 사업에 쓰는 토지·건물이나 부동산에 관한 권리와 함께 양도하는 영업권이고, 특허권을 따로 넘기는 거래는 4호 어느 목에도 들어가지 않는다.

대신 §21①7호가 “광업권·어업권·양식업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권 … 을 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품”을 기타소득으로 규정한다. 특허권은 산업재산권이므로 이 칸에 들어간다. 그리고 시행령 §87 1의2호가 7호 기타소득에 필요경비 60%를 의제한다(실제 소요된 경비가 60%를 넘으면 그 초과분도 산입한다).

여기까지만 보면 세율이 낮아 보인다. 원천징수세율은 20%이고(§129①6호 라목), 60%를 뺀 뒤에 20%를 떼니 지급액 기준 실효 8%다. 여기에 소득세의 10%인 지방소득세가 함께 특별징수되므로(지방세법 §103의13①) 실제로는 8.8%다. 2억원을 받으면 1,760만원이 떨어져 나가고 1억 8,240만원이 통장에 들어온다.

그런데 그게 끝이 아니다. §14③8호 가목은 기타소득금액이 300만원 이하일 때만 분리과세로 종결시킨다. 2억원을 받으면 기타소득금액이 8,000만원이므로 300만원을 한참 넘고, 이 금액은 그해 급여 등 다른 종합소득과 합산되어 종합소득 과세표준으로 들어간다. 원천징수된 1,760만원은 최종 세금이 아니라 선납이다. 5월 종합소득세 신고에서 정산이 한 번 더 온다는 뜻이고, 대표의 다른 소득만으로 과세표준이 이미 8,800만원을 넘는다면 이 금액에는 35% 이상의 세율이 붙는다(§55①, 1억 5,000만원 초과 구간은 38%).

세 번째 경로인 실시권 설정은 소유권을 개인에게 남겨 둔다. 세금 구조는 원칙적으로 같지만 — §21①7호는 ‘양도’와 ‘대여‘를 나란히 적는다 — 실사에서 지적받은 문제가 해결되지 않는다는 점이 다르다. 그리고 실시료를 계속·반복적으로 받으면 기타소득이 아니라 사업소득이 될 수 있다. 조세심판원은 대표이사가 자기 회사에 특허를 장기간 빌려주고 매출액의 2%를 사용료로 받아 온 사안에서 이를 사업소득으로 보고 부가가치세 과세까지 유지했다(조심 2013서4386, 2014.3.11.). 사업소득이 되면 60% 필요경비 의제는 적용되지 않는다.

과세관청이 먼저 묻는 것은 금액이 아닙니다

여기가 이 거래의 진짜 분기점이다. 회사가 대표에게 특허 대가를 지급하고 기타소득으로 원천징수해 두면, 조사 단계에서 나오는 첫 질문은 “금액이 적정한가”가 아니라 “그 특허, 대표님 직무발명 아닙니까”다.

소득세법 §20①5호가 “종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금”을 근로소득으로 규정하기 때문이다. 그리고 발명진흥법 §2 2호의 ‘종업원등’에는 법인의 임원이 포함된다. 대표이사도 종업원등이다. 기타소득은 다른 소득 어디에도 속하지 않는 나머지 소득이므로, 근로소득에 해당하는 순간 기타소득의 자리는 사라진다 — 그리고 근로소득에는 필요경비 60% 의제가 없다. 근로소득공제가 있긴 하지만 총급여 1억원을 넘는 구간의 공제율은 2%이고, 공제액 전체가 2,000만원을 넘지 못한다(§47①).

실제로 이 다툼이 조세심판원까지 올라간 사례가 있다. 조심 2022인6377(2023.3.7.)에서 과세관청은 대표이사가 법인에 특허권 2건을 양도하고 받은 대가를 직무발명보상금으로 보아 법인원천세(근로소득)를 부과했고, 심판원은 그 처분을 취소했다. 취소 근거로 재결이 든 사실은 세 가지다.

반대로 읽으면 이렇다. 대표가 CTO를 겸하거나 연구소장으로 등재되어 있고, 회사가 그 특허를 자기 제품에 직접 쓰고 있다면 — 즉 보통의 딥테크 스타트업 구조라면 — 직무발명 쪽으로 기울 여지가 크다. 인용 재결 한 건이 실무를 확정하지는 않는다. 확정하는 것은 그 회사의 사실관계다. 그리고 직무발명보상금으로 정리하기로 했다면 그다음 계산은 직무발명보상금 비과세 쪽의 문제가 된다. 다만 대표가 지배주주라면 그 편에서 다룬 연 700만원 비과세는 처음부터 없고(소득세법 §12 3호 어목 1) 단서, 시행령 §17의3②), 거기서 이어지는 것은 회사 쪽 손금·세액공제뿐이다.

소득구분을 정하는 것은 양수도계약서의 제목이 아니라, 그 발명을 할 자리에 그 사람이 있었는가다.

한 가지 더. 회사가 직무발명 승계 규정을 갖춰 두면 안전해지는 것도 아니다. 발명진흥법 §10①은 직무발명이면 사용자가 통상실시권을 당연히 취득한다고 정한다(중소기업은 사전 계약이 없어도 그렇다). 회사는 이미 쓸 권리를 공짜로 갖고 있다는 뜻이고, 그 상태에서 지급하는 대가가 무엇인지가 다시 문제가 된다. 반대로 §10③은 직무발명이 아닌 발명을 미리 승계시키는 계약 조항을 무효로 한다. 규정 하나로 양쪽을 동시에 덮을 수는 없다.

50% 감면 조항이 있는데, 그 문은 특수관계인에서 닫힙니다

조세특례제한법 §12①은 기술이전을 장려한다. 중소기업·중견기업이 자체 연구·개발한 특허권 등을 2026년 12월 31일까지 내국인에게 이전하면 그 소득에 대한 소득세·법인세의 50%를 감면한다. 대여에도 25% 감면이 붙는다(§12③).

이 조항을 발견한 CFO는 반가워하지만, 두 군데에서 막힌다.

첫째, 괄호가 특수관계인을 빼놓았다. §12①은 “내국인에게 이전(대통령령으로 정하는 특수관계인에게 이전한 경우는 제외한다)”이라고 적는다. 조특법 시행령 §11①이 그 특수관계인을 법인세법 시행령 §2⑧과 소득세법 시행령 §98①으로 연결한다. 창업자가 자기 회사에 특허를 넘기는 것은 이 정의의 한가운데다. 감면의 문은 애초에 열리지 않는다. §12③의 대여 25% 감면도 같은 괄호를 달고 있어서, 양도 대신 전용실시권을 설정해도 결과는 같다.

둘째, 주어가 ‘기업’이다. §12①의 주어는 ‘중소기업 및 중견기업’이고, 조특령 §11③1호도 대상을 “해당 기업이 국내에서 자체 연구·개발하여 최초로 설정등록받은 특허권”으로 적는다. 중소기업의 요건(조특법 §6①, 조특령 §2①)은 업종별 매출액과 주된 사업을 전제로 짜여 있어서, 사업을 하지 않는 개인 창업자가 개인 자격으로 등록받은 특허는 이 문언에 들어맞지 않는다. 개인사업자가 그 사업에서 개발해 등록한 특허라면 주어 문제는 풀 수 있지만, 첫째 괄호가 그대로 남는다.

금액은 합의로 정할 수 없습니다

소득구분을 통과했다고 해도 금액이 남는다. 특수관계인 거래이므로 시가가 기준이다.

법인 쪽에서는 법인세법 시행령 §88①1호가 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우”를 부당행위계산 유형으로 명시한다. 걸리면 초과분은 손금에서 빠지고, 대표에게 흘러간 것으로 보아 상여 등으로 소득처분이 따라온다. 다만 §88③이 안전장치를 하나 둔다 — 이 유형은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에만 적용된다. 개인 쪽에서도 소득세법 §41①이 사업소득과 기타소득에 부당행위계산을 열어 두고 있어, 반대로 지나치게 낮게 넘기면 그쪽이 조정된다. 특수관계인 거래에서 시가가 양방향으로 작동하는 구조는 비상장주식 양도세 시가에서 주식을 놓고 다룬 것과 같다.

문제는 그 ‘시가’가 어떻게 정해지느냐다. 특수관계 없는 제3자 사이에 거래된 가격이 없으면 법인세법 시행령 §89②가 순서를 정한다. 먼저 감정평가법인등의 감정가액(둘 이상이면 평균)이고, 그것이 없을 때 상증세법의 평가방법을 준용한다. 개인 쪽 부당행위계산도 이 순서를 그대로 따른다(소득세법 시행령 §98③). 주식과 다른 점이 여기 있다. §89②1호는 주식등에는 감정가액을 쓰지 못하게 하지만, 특허에는 감정가액이 가장 먼저 적용된다.

감정가액이 없으면 상증세법 §64로 간다. §64는 무체재산권의 가액을 ① 취득가액에서 감가상각비를 뺀 금액과 ② 장래의 경제적 이익을 고려한 평가액 중 큰 금액으로 한다. 그리고 상증세법 시행령 §59⑤이 특허권에 대해 “그 권리에 의하여 장래에 받을 각 연도의 수입금액을 기준으로” 계산하되, 각 연도 수입금액이 확정되지 않은 것은 평가기준일 전 3년간 수입금액의 평균을 쓸 수 있다고 정한다. 구체적인 산식은 시행규칙 §19②③에 있다. 각 연도 수입금액을 연 10%로 할인해 남은 존속기간(최대 20년)만큼 더한다.

여기서 창업 초기 특허의 구조적 난점이 드러난다. 제품이 막 나왔거나 아직 매출이 없다면 그 특허가 과거 3년간 벌어들인 수입금액은 0에 가깝다. 시행규칙 §19④ 단서는 최근 3년간 수입금액이 없으면 세무서장등이 둘 이상의 감정기관이나 전문가의 감정가액 등을 감안해 적정한 가액으로 평가할 수 있다고 정한다. 산식으로 값이 나오지 않을 때 그 값을 정하는 근거도 결국 감정가액이라는 뜻이다. 회사가 미래 가치를 보고 큰 금액을 지급했는데 감정가액이 그에 못 미치면 §88①1호의 고가매입 쪽으로 기운다. 투자 라운드에서 인정받은 기업가치가 특허의 감정가액이나 세법상 평가액을 만들어 주지는 않는다 — 투자 밸류와 세법 평가액이 별개라는 원리는 투자밸류 세법평가액에서 이미 다룬 그대로다.

현물출자로 돌리면 세금은 그대로고 절차가 늘어납니다

현금이 없는 회사는 자연히 현물출자를 떠올린다. 특허를 넣고 신주를 받는 구조다. 세금 면에서 달라지는 것은 없다 — 대가가 현금이 아니라 주식일 뿐 여전히 양도이고, 여전히 §21①7호 기타소득이다. 오히려 나빠지는 지점이 하나 있다. 원천징수할 현금이 없다. 이때 기타소득의 수입금액은 받은 주식의 시가로 잡히고(조심 2021광0913, 2021.11.11.), 회사는 주식을 발행했을 뿐인데 그 8%(지방소득세를 더하면 8.8%)를 원천징수세액으로 현금 납부해야 한다.

절차도 하나 더 붙는다. 상법 §422①은 현물출자가 있으면 이사가 법원에 검사인 선임을 청구하도록 하고, 공인된 감정인의 감정으로 갈음할 수 있게 한다. 회사가 벤처기업이라면 기술평가기관의 가격 평가를 공인된 감정인의 감정으로 본다(벤처기업육성에 관한 특별법 §6②). 면제는 §422②1호인데 요건이 둘이고 둘 다 충족해야 한다 — 현물출자 재산의 가액이 자본금의 1/5을 넘지 않을 것, 그리고 5천만원을 넘지 않을 것(상법 시행령 §14①). 설립 단계의 §299②1호·시행령 §7①도 같은 구조다.

자본금 1억원인 스타트업이라면 첫 요건이 2,000만원에서 걸린다. 특허를 의미 있는 금액으로 넣으려는 순간 법원 절차는 사실상 필수다. 그리고 검사인의 조사보고서든 감정인의 감정결과든, 법원이 심사해 부당하다고 보면 금액을 변경해 통고할 수 있다(§422③). 회사와 창업자가 합의한 금액이 그대로 통과한다는 보장이 없다.

받은 쪽 회계는 단순하다. 특허권은 법인세법 시행령 §24①2호 나목의 무형자산(감가상각자산)이고, 시행령 §26①1호에 따라 정액법으로 상각한다. 취득가액이 크면 그만큼 매년 비용이 되어 돌아오므로, 지급액이 큰 것이 회사에 언제나 불리한 것도 아니다. 단, 그 비용이 개발비 자본화 함정에서 다룬 개발비와 어떻게 갈리는지는 별도의 판단이다.

정리하면, 순서는 이렇습니다

이 거래는 실사 직전에 급히 처리할 성질의 것이 아니다. 순서가 있다.

1. 누가 언제 발명했는지를 먼저 확정한다. 발명 당시 그 사람의 직무, 연구소 등재 여부, 회사가 그 특허를 직접 쓰는지. 이 셋이 소득구분을 가른다.
2. 소득구분에 맞는 문서를 만든다. 기타소득이라면 양수도계약과 그 발명이 직무 밖이라는 근거를, 직무발명보상금이라면 발명진흥법이 요구하는 보상규정과 승계 절차를 갖춘다. 어느 쪽이든 나중에 만든 서류는 방어력이 약하다.
3. 감정평가를 먼저 받고 금액을 정한다. 합의한 금액을 평가서가 따라오게 하지 않는다. 시가와의 차이가 3억원 미만이면서 시가의 5% 미만이면 부당행위계산 대상에서 빠진다(법인세법 시행령 §88③, 소득세법 시행령 §98②).
4. 현금이 없으면 현물출자 절차 일정을 역산한다. 법원 검사인·감정인 절차는 실사 일정보다 길 수 있다.

그리고 한 가지, 세금보다 먼저 확인할 것이 있다. 회사에 직무발명을 미리 승계하는 계약이나 근무규정이 있었다면, 그 발명에 대한 권리는 발명을 완성한 때부터 회사에 승계됐을 수 있다(발명진흥법 §13①). 그 뒤 개인 명의로 받은 특허는 특허를 받을 수 있는 권리를 가지지 않은 자의 특허라 무효심판 대상이 되고(특허법 §133①2호), 회사는 법원에 특허권 이전을 청구할 수 있다(§99의2①). 승계 규정이 없었다면 특허를 받을 권리는 발명자에게 있으므로(§33①) 개인 명의 출원만으로 문제가 되지는 않는다. 세금 계산을 하기 전에, 그 특허가 애초에 누구 것이었는지부터 정리해야 한다는 뜻이다.

특허등록원부의 권리자란은 실사에서 한 줄로 끝나는 항목처럼 보입니다. 실제로는 대표와 회사 사이에 오간 거래가 장부에 어떻게 남았는지를 묻는 질문이고, 그 질문은 재무실사 가지급금 가수금에서 가지급금이 뜯기는 방식과 같은 자리에서 나옵니다. 권리자 이름을 바꾸는 일은 등록원부의 문제가 아니라 그해 종합소득세 신고서의 문제입니다.