결손금 소급공제는 신고기한에만 열리는 문입니다 — 돌려받은 만큼 이월결손금에서 빠집니다

11월 가결산에서 당기 결손이 확정되면, 작년에 낸 세금을 돌려받을지 검토합니다. 작년에 창업중소기업 세액감면과 연구·인력개발비 세액공제로 세금을 거의 내지 않았다면 환급 재원도 거의 없습니다.

우리 회사도 신청할 수 있나요?

중소기업에 해당하고, 연결납세 적용 여부와 두 사업연도의 신고 요건을 확인해야 합니다. 중소기업 여부는 매출액·독립성·업종 요건으로 판단합니다. 규모 확대로 요건을 벗어났을 때의 유예기간도 함께 적용됩니다.

중소기업 여부는 결손금이 발생한 사업연도를 기준으로 판단합니다. 국세청은 직전 사업연도에 중소기업이 아니었어도 적용된다고 봅니다.

연결납세는 모법인과 자법인을 묶어 법인세를 계산하는 방식입니다. 적용 중인 중소기업은 소급공제 신청이 거부된다는 전제로 계획하는 쪽이 안전합니다.

2026년 3월 5일 조세심판원은 연결납세 중인 중소기업의 환급 신청 거부에 대한 심판청구를 기각했습니다. 연결사업연도 법인세의 결정·경정·징수·환급에 준용하는 조문 목록에는 소급공제가 빠져 있습니다. 심판원은 엄격해석 원칙상 목록에 없는 제도를 적용하기 어렵다고 판단했습니다.

다만 기각된 심판 결정 1건이며, 소송에서 다툴 여지까지 사라진 것은 아닙니다.

연결납세를 끝낸 뒤 개별 신고한 사업연도의 결손금은 사정이 다릅니다. 직전 연결사업연도에 낸 세액의 환급을 인정한 심판례가 있습니다.

자법인 결손을 모법인 소득과 즉시 상계하는 효과는 소급공제를 상당 부분 대체합니다. 그러나 연결집단 전체가 결손인 해에는 직전 사업연도에 낸 세금을 돌려받을 수단이 없습니다.

연결납세는 한 번 적용하면 일정 기간 유지해야 합니다. 연결납세를 신청하기 전에 소급공제를 쓰지 못하게 되는 효과도 함께 계산해야 합니다.

계열편입과 독립성 요건은 대기업투자 계열편입 중소기업지위, 중소기업 졸업 독립성 유예에서 다뤘습니다. 연결납세 신청 요건과 적용 기간은 연결납세 90퍼센트 신청기한을 참조하십시오.

근거: 법인세법 제72조·제76조의20·제76조의22, 조세특례제한법 제6조 제1항, 조특법 시행령 제2조 제1항·제2항, 국세청 서면-2017-법인-1732(2017.11.30.), 조심 2025서4214(2026.3.5.), 조심 2021서0620(2021.10.25.)

얼마를 돌려받고, 결손금은 얼마나 신청해야 하나요?

환급 한도에 맞춰 신청할 결손금을 계산하고, 지금 받을 현금과 미래에 아낄 세금을 비교해야 합니다. 결손금이 커도 직전 사업연도의 감면·공제 후 세액이 0이면 환급 재원이 없습니다.

계산상 환급액은 직전 사업연도 산출세액에서 소급공제 후 세액을 뺀 금액입니다. 소급공제 후 세액은 직전 과세표준에서 신청할 결손금을 빼고, 직전 사업연도 세율을 적용해 구합니다. 과세표준은 세금을 계산하는 기준 금액입니다.

실제 환급액은 직전 산출세액에서 감면·공제세액을 뺀 금액을 넘지 못합니다. 직전 과세표준이 5억원인 12월 결산 중소기업을 가정해 보겠습니다.

직전 사업연도는 2025년이므로 2억원 이하에는 9%, 2억원 초과분에는 19%를 적용합니다. 산출세액은 7,500만원입니다. 창업중소기업 세액감면으로 50%인 3,750만원을 감면받았다면 환급 한도는 3,750만원입니다.

이 사례처럼 한도가 환급액을 막으면, 당기 결손금 4억원 중 2억원만 신청해도 받을 현금은 같습니다. 신청하지 않은 2억원은 이월결손금으로 남습니다.

국세청은 전액을 신청했더라도 한도 때문에 소급공제받지 못한 결손금은 이월결손금으로 공제할 수 있다고 봅니다. 그래도 한도에 맞춰 신청하면 소급공제분과 이월분의 경계가 처음부터 분명해집니다.

세액공제를 받은 뒤 사후관리 요건을 어겨 추가납부한 세액도 살펴야 합니다. 조세심판원은 임시투자세액공제를 받은 기계장치를 2년 내에 처분한 사건에서 환급 한도가 회복되지 않는다고 판단했습니다. 회사가 다음 사업연도에 공제세액과 이자상당액을 추가납부했어도 결론은 같았습니다.

같은 논리라면 통합투자세액공제의 처분·임대 사후관리로 추가납부한 세액도 환급 재원을 회복시키지 못한다고 보고 계획해야 합니다. 공제 구조는 통합투자세액공제 리스를 참조하십시오.

환급에 대응하는 결손금은 이후 사업연도 소득에서 공제할 이월결손금에서 빠집니다. 소급공제에는 직전 사업연도 세율을, 이월공제에는 미래 사업연도 세율을 적용합니다. 중소기업은 이월결손금을 각 사업연도 소득의 100%까지, 15년 동안 공제합니다.

이 교환은 되돌릴 수 있습니다. 기획재정부는 2025년 12월, 소급공제를 받지 않은 것으로 수정신고하면 그 결손금을 이월결손금으로 공제할 수 있다고 해석했습니다. 이 경우 환급받은 세액은 되돌려야 합니다.

직전 사업연도 과세표준이 2억원 이하였다면, 결손금 1억원으로 돌려받는 세금은 세율상 900만원입니다. 2026년 이후 개시 사업연도부터 세율이 1%p 올랐습니다. 2년 뒤 과세표준이 10억원대로 올라가면 같은 결손금 1억원으로 2,000만원을 아낍니다.

과세표준이 커질 회사라면 소급공제로 쓴 결손금의 가치가 이월공제보다 낮을 수 있습니다. 대신 지금 현금이 들어옵니다. 다음 2~3년 과세소득 전망을 기준으로 판단해야 합니다.

근거: 법인세법 제72조 제1항·제55조 제1항·제13조 제1항 제1호 가목, 법률 제21217호(2025.12.23.) 부칙 제5조, 시행령 제110조 제1항·제10조 제3항 제3호, 조세특례제한법 제6조 제1항, 조심 2010중1790(2011.5.27., 기각), 국세청 법인46012-1311(2000.6.7.), 기획재정부 법인세제과-615(2025.12.8.)

언제까지 무엇을 제출해야 하나요?

결손 사업연도와 직전 사업연도를 모두 기한 내 신고하고, 환급도 법인세 신고기한까지 신청해야 합니다. 12월 결산법인의 신청기한은 2027년 3월 31일입니다. 이때 소급공제법인세액환급신청서를 제출해야 합니다.

직전 사업연도를 기한후신고했다면 당기 결손이 커도 적용받지 못합니다. 가결산 단계에서 전기 신고가 기한 내 신고였는지부터 확인해야 합니다.

신청기한을 놓친 뒤 경정청구로 소급공제 환급을 받는 길은 없습니다. 신고 때 신청하지 않은 결손금은 이월공제로만 씁니다.

경정청구는 이미 신고하거나 결정된 세액 등을 바로잡아 달라는 청구입니다. 조세심판원은 법인이 신고기한까지 소급공제를 신청하지 않은 사건에서 환급 거부가 정당하다고 봤습니다. 과세관청의 경정으로 뒤늦게 결손이 생겼어도 결론은 같았습니다.

신고기한 뒤 소급공제를 신청하거나 바꿀 수단이 따로 없다는 이유입니다. 개인사업자 사건에서도 심판원은 소급공제 환급에 경정청구 규정이 적용되지 않는다고 봤습니다. 후발적 경정청구 사유라는 주장도 받아들이지 않았습니다.

근거: 법인세법 제72조 제2항·제4항·제60조, 시행령 제110조 제2항, 국세기본법 제45조의2, 소득세법 제85조의2, 국심 2000광0170(2000.7.14., 기각), 조심 2008부2198(2008.9.4.)

환급받은 뒤 결손금이 줄면 어떻게 되나요?

환급 후 결손금이나 환급세액이 줄면 환급액이 추징될 수 있고, 이때 이자상당액도 더해집니다. 중소기업이 아닌 법인이 환급받은 경우에도 이자상당액을 붙여 전액 징수합니다.

결손 사업연도를 경정해 결손금이 줄거나, 직전 사업연도를 경정해 환급세액이 줄면 추징이 발생합니다. 경정은 과세표준이나 세액 등을 바로잡는 절차입니다. 다만 일부만 소급공제했다면 소급공제하지 않은 결손금부터 줄어든 것으로 봅니다.

앞의 회사가 결손금 4억원 중 2억원만 소급공제해 3,750만원을 환급받았다고 하겠습니다. 이후 세무조사에서 결손금 1.5억원이 부인돼도, 신청하지 않은 2억원에서 먼저 줄어듭니다. 소급공제한 2억원은 남으므로 추징은 0원입니다.

반대로 4억원 전액을 신청서에 적었다면, 4억원 전체가 소급공제 결손금으로 다뤄질 수 있습니다. 그러면 감소분 1.5억원이 바로 추징 산식에 들어갑니다. 당초 환급세액 3,750만원에 1.5억원을 4억원으로 나눈 비율을 곱하면 약 1,406만원입니다.

이 금액을 결손 사업연도의 법인세로 징수합니다. 한도에 맞춘 역산 신청은 같은 현금을 확보하면서 추징을 줄일 여지도 남기는 선택입니다.

이자상당액은 당초 환급세액 통지일 다음 날부터 고지일까지 계산합니다. 적용 단가는 1일 10만분의 22로, 연 8.03% 수준입니다. 위 예시에서 추징까지 2년이 걸리면 1,406만원에 약 226만원이 더해집니다.

과다환급에 정당한 사유가 있으면 국세환급가산금 이자율인 연 1천분의 31, 즉 3.1%를 적용합니다. 다만 정당한 사유의 인정 범위는 좁습니다. 회사의 선의가 아니라 과세관청의 귀책에 초점을 둡니다.

2012년 시행령 개정 당시에는 과세관청의 부당한 과세 때문에 소급공제받은 경우를 예로 들었습니다. 그 처분이 취소돼 환급세액을 추징당하는 경우였습니다. 반면 조세심판원이 다룬 사건에서는 회사가 거래의 성질을 처음부터 알았고 가공경비를 손금(세법상 비용)에 넣은 사실도 확인돼 정당한 사유가 인정되지 않았습니다.

이 사건에서 과세관청은 이자상당액이 가산세가 아니라 과다환급액의 반환이므로 가산세 감면 규정도 적용되지 않는다고 주장했습니다.

환급액이 늘어나는 경우도 있습니다. 환급 결정 후 직전 사업연도 법인세액이나 과세표준이 달라지면 즉시 경정해 추가 환급하거나 과다환급분을 징수합니다. 세무조사 등으로 직전 사업연도 세액이 늘어나면 환급을 더 받을 수도 있습니다.

다만 추가 환급은 당초 신청한 결손금의 범위에서만 이뤄집니다. 한도에 맞춰 적게 신청했다면 이 여지도 그만큼 줄어듭니다.

근거: 법인세법 제72조 제5항·제6항, 시행령 제110조 제3항 단서·제4항 제2호 및 같은 제2호 단서, 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항, 같은 법 시행규칙 제19조의3, 국세기본법 제48조, 조심 2017서0080(2017.6.13., 기각), 국심 1999중0531(1999.9.7., 기각)

11월 가결산에서 무엇부터 확인하면 되나요?

신청 자격과 환급 재원을 먼저 확인한 뒤, 신청할 결손금을 정합니다. 다음 항목을 확인하면 신고 때 필요한 판단을 준비할 수 있습니다.

지금 소급할 수 있는 기간은 직전 1개 사업연도뿐입니다. 결손금을 2년까지 소급하는 특례는 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에만 적용됐습니다.

과세소득 전망은 이연법인세자산 판단과 같은 근거를 씁니다. 이연법인세자산은 미래에 줄어들 세금을 자산으로 인식하는 것입니다. 관련 내용은 이월결손금, 이연법인세자산 결손금 인식요건에서 다뤘습니다.

창업 감면은 창업중소기업 세액감면을 참조하십시오. 청산 시 이월결손금의 쓰임은 청산소득 이월결손금 잉여금한도에서 다뤘습니다.

근거: 법인세법 제72조 제1항·제2항·제4항·제13조 제1항 제1호, 시행령 제110조 제1항, 조심 2010중1790, 조심 2025서4214, 국심 1999중0531, 조세특례제한법 제8조의4