벤처기업 확인이 만료된 달에 부여한 스톡옵션은 되돌릴 수 없습니다 — 세법이 묻는 것은 회사가 지금 벤처기업인지가 아니라 그 주식매수선택권이 무엇에 따라 부여됐는지이고, 행사 시점의 자격은 면제되지만 부여 시점의 자격은 면제되지 않습니다

벤처기업확인서 만료일이 3월 31일이었고 재확인 통보가 5월 12일에 왔다고 해 보겠습니다. 그 사이 4월 주주총회에서 새로 합류한 개발 리더 세 명에게 스톡옵션 부여를 결의했다면, 그 옵션은 5월에 확인서를 다시 받아도 적격주식매수선택권이 되지 않습니다. 세법이 보는 것은 회사가 지금 벤처기업인지가 아니라, 그 주식매수선택권이 어느 조문에 따라 부여됐는지이기 때문입니다.

세법은 회사를 묻지 않고 부여 근거를 묻습니다

조세특례제한법 제16조의4 제1항 제1호를 그대로 옮기면 이렇습니다.

「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

요건의 주어가 회사가 아니라 옵션입니다. 회사가 벤처기업이라는 사실만으로는 이 호를 채우지 못하고, 그 옵션이 벤처기업법 제16조의3이라는 특정 조문에 따라 부여된 것이어야 합니다. 그리고 이 문장 구조는 제16조의4 하나에만 있는 것이 아닙니다.

가운데 줄만 상법 옵션에 열려 있습니다. 그런데 납부특례는 세금을 줄여 주는 제도가 아닙니다. 제16조의3 제1항 제2호·제3호에 따르면 행사한 해의 확정신고 때 행사이익을 포함해 신고하되 관련 소득세액의 5분의 4는 빼고 납부하고, 그 5분의 4를 다음 4개 연도에 4분의 1씩 나누어 냅니다. 총액은 그대로이고 시점만 늘어납니다.

반면 위아래 두 줄은 세금의 크기 자체를 바꿉니다. 비과세는 연 2억원까지를 아예 지우고, 과세이연은 근로소득 누진세율에서 양도소득 과세로 자리를 옮깁니다(두 경로의 세부담 차이는 스톡옵션 행사세금에서 다뤘습니다). 확인 공백기에 부여한 옵션은 이 두 줄을 동시에 잃습니다.

가운데 줄도 공백기 부여분에는 열려 있다고 보기 어렵습니다. 제16조의3은 상법 옵션을 받아 주지만, 옵션을 부여받은 사람을 ‘벤처기업 임원 등’으로 한정합니다. 국세청은 부여 당시 벤처기업이 아니었던 회사가 부여한 옵션에 대해 “행사당시 벤처기업의 요건을 충족한 경우라도 동 규정에 따른 납부특례를 적용받을 수 없음”이라고 회신했습니다(사전-2020-법령해석소득-1296, 2021.3.8.). 확인이 끊긴 기간을 벤처기업이 아닌 기간으로 보면, 공백기에 부여한 옵션은 가운데 줄까지 세 줄을 모두 잃습니다.

확인이 끊기면 그 부여 근거가 사라집니다

여기서 한 단계를 더 내려가야 합니다. “확인이 없으면 왜 벤처기업법 제16조의3으로 부여할 수 없는가”에 답이 있어야 하기 때문입니다.

벤처기업법 제16조의3 제1항은 “주식회사인 벤처기업은” 으로 시작합니다. 부여 주체를 벤처기업으로 못 박은 것입니다. 그러면 벤처기업이 무엇인지를 같은 법 제2조의2가 정하는데, 이 조문의 구조가 핵심입니다.

제2조의2 제1항 제2호는 벤처기업이 될 수 있는 세 가지 길(투자유형·연구개발유형·혁신성장유형)을 가목부터 다목까지 나열하는데, 세 목 모두 벤처기업확인기관의 평가를 받은 기업이어야 한다는 요건을 담고 있습니다. 투자를 받았다는 사실만으로, 연구개발비 비율을 채웠다는 사실만으로 벤처기업이 되는 것이 아니라, 확인기관의 평가가 요건 안에 들어가 있습니다.

그리고 그 확인에는 기한이 있습니다. 같은 법 시행령 제18조의4는 벤처기업확인서의 유효기간을 확인일부터 3년으로 정합니다.

세 조문을 이어 붙이면 이렇게 됩니다.

1. 조특법 특례 둘은 벤처기업법 제16조의3으로 부여된 옵션만 받는다.
2. 벤처기업법 제16조의3은 벤처기업만 부여할 수 있다.
3. 벤처기업이라는 지위에는 확인기관의 평가가 들어 있고, 그 확인서는 3년마다 끊긴다.

그래서 확인 공백기에는 상법 제340조의2로만 부여할 수 있고, 상법으로 부여된 옵션은 처음부터 1번의 문 앞에 서지 못합니다. 나중에 재확인을 받아도 이미 찍힌 부여 결의의 근거 조문이 바뀌지는 않습니다.

조특법에는 확인서 만료를 혜택이 끊기는 사건으로 명시한 조문도 있습니다. 창업벤처중소기업 세액감면은 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되면 만료일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않고, 그 과세연도 종료일 현재 재확인을 받은 경우만 예외로 둡니다(조특법 제6조 제2항 제2호). 스톡옵션 특례 세 조문에는 이런 재확인 예외가 없습니다. 다만 확인 공백기에 부여한 옵션을 정면으로 다룬 유권해석이나 심판례는 아직 확인되지 않으므로, 공백기에 부여 결의가 잡혀 있다면 과세관청에 미리 질의해 두는 편이 안전합니다.

문은 한쪽으로만 열려 있습니다

여기서 실무자들이 가장 자주 뒤집어 생각하는 지점이 나옵니다. “확인서가 만료되면 이미 부여한 옵션도 날아가는 것 아니냐”는 걱정인데, 조문은 정확히 반대로 적혀 있습니다.

조특법 제16조의4 제9항입니다.

제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다.

행사 시점의 자격은 명시적으로 면제됩니다. 부여할 때 요건을 갖췄다면, 그 뒤에 중소기업 규모를 넘어서든 확인서가 만료되든 과세이연은 유지됩니다. 반대로 부여 시점의 자격을 면제해 주는 조항은 어디에도 없습니다.

그러니 갱신을 놓쳤을 때 실제로 위험한 것은 캡테이블에 이미 올라가 있는 옵션이 아니라, 그 공백기에 새로 찍은 부여 결의입니다. 걱정의 방향이 대개 거꾸로 서 있습니다.

제16조의4 제9항 같은 명시 조항은 비과세(제16조의2)와 납부특례(제16조의3)에는 없습니다. 그래도 국세청은 벤처기업법에 따라 부여한 옵션이라면, 합병으로 부여법인이 더 이상 벤처기업이 아니게 된 뒤에 행사하더라도 비과세·납부특례·과세이연 각각의 요건을 충족하면 적용된다고 회신했습니다(서면-2024-원천-2706, 2025.2.24.).

세제 말고도 같이 닫히는 것이 셋 있습니다

확인이 끊긴 기간에 상법으로 부여하면 설계 자체가 좁아집니다. 세 가지가 동시에 바뀝니다.

실무에서 제일 먼저 걸리는 것은 첫 줄입니다. 10%는 시리즈 A를 지난 회사라면 이미 상당 부분 차 있는 경우가 많습니다. 벤처기업법 아래에서 50% 한도를 전제로 옵션 풀을 설계해 온 회사가 공백기에 부여 결의를 올리면, 세제 이전에 상법 한도에서 막힙니다.

둘째 줄도 큽니다. 상법은 대상을 이사·집행임원·감사·피용자로 닫아 두어, 자문 계약만 맺은 외부 전문가에게는 상법으로 옵션을 줄 수 없습니다. 벤처기업법 제16조의3 제1항 제3호가 열어 둔 문이 확인과 함께 닫히는 것입니다.

셋째 줄의 시가 이하 부여는 벤처기업법 제16조의3 제5항과 시행령 제11조의3 제5항이 근거이고, 한 사람 기준으로 (부여일 시가 − 행사가격) × 대상 주식 수의 합계가 20억원 이하일 때 허용됩니다. 여기에는 임직원과 피인수기업 임직원만 들어가고, 전문성 보유자는 포함되지 않습니다.

제외 대상자는 층이 둘이라 헷갈리기 쉽습니다. 부여 자체가 막히는 층과, 부여는 되지만 과세이연 특례에서 빠지는 층이 다릅니다.

자격을 갖춰도 절차에서 한 번 더 닫힙니다

여기까지가 “부여할 때 무엇을 봐야 하는가”라면, 행사할 때 닫히는 문이 하나 더 있습니다. 2025년 12월에 나온 조세심판원 재결이 이 자리를 정확히 보여 줍니다(조심 2025중3857, 2025.12.3. 기각).

사실관계는 이렇습니다. 벤처기업으로 설립된 회사의 사내이사 두 명이 2016년에 신주발행형 옵션을 부여받아 2021년에 행사했습니다. 회사는 납부특례로 처리해 원천징수를 하지 않았고, 두 사람은 행사이익을 근로소득에 합산해 분할납부해 왔습니다. 그러다 2025년 4월, 이 옵션이 제16조의4의 적격주식매수선택권에 해당하므로 소득세 과세대상이 아니라며 경정청구를 냈습니다.

청구인들의 주장은 두 갈래였습니다. 첫째, 제16조의4 제1항의 실체 요건은 모두 충족했다. 둘째, 전용계좌 입고와 명세서 제출은 절차 규정일 뿐 특례 요건이 아니다. 특히 회사가 전자등록주식을 발행하지 않아 전용계좌에 입고하는 것 자체가 물리적으로 불가능했다는 점을 들었습니다.

심판원은 기각했습니다. 재결요지 한 줄이 그대로 결론입니다.

전용계좌 입고, 특례적용대상명세서 제출 등은 단순 납세협력의무가 아닌 과세특례의 필수요건에 해당함

조특법 시행령 제14조의4가 정하는 순서를 보면 왜 그런지가 드러납니다. 임직원은 행사일 전일까지 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서를 회사에 내야 하고(제2항), 회사는 그 주식을 전용계좌로 입고한 뒤 행사일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 세무서에 내야 합니다(제3항). 전용계좌는 본인 명의로, 그 주식만 거래하는 계좌로 별도 개설해야 합니다(제10항).

청구인들이 재결에서 설명한 바에 따르면, 비상장회사가 이 경로를 쓰려면 통일주권을 발행할 수 있어야 하고, 한국예탁결제원과 명의개서 대행 계약을 맺어야 하며, 관련 등기도 마쳐야 합니다. 그래서 실무 순서가 뒤집힙니다. 행사 통지를 받고 나서 준비할 수 있는 일이 아니라, 옵션을 설계하는 단계에서 끝나 있어야 하는 일입니다.

부여 시점에 확인서를 들고 있었는지, 행사 시점에 전용계좌가 열려 있었는지. 적격주식매수선택권은 이 두 날짜에서 결정되고, 둘 다 나중에 소급해서 맞출 수 없습니다.

그래서 갱신일은 부여 캘린더 위에 놓입니다

확인서 갱신이 총무 일정으로 처리되는 이유는, 그것이 끊겨도 아무 일이 일어나지 않기 때문입니다. 세금 고지서가 오지 않고 등기가 막히지도 않습니다. 확인 취소와 비교하면 차이가 분명합니다. 취소는 벤처기업법 제25조의2에 따라 확인기관이 벤처기업확인위원회 심의와 청문을 거쳐 하는 처분이라 회사가 모를 수 없지만, 기간 만료는 아무 절차 없이 그냥 지나갑니다. 조용한 쪽이 더 위험합니다.

그래서 실무에서 잡아야 할 것은 갱신 알림이 아니라 두 캘린더를 겹쳐 놓는 일입니다.

• 확인일부터 3년이 되는 날을 옵션 부여 캘린더에 먼저 찍습니다.
• 재확인 신청은 만료일에 맞추는 것이 아니라, 심의 기간을 감안해 앞당깁니다. 공백이 하루라도 생기면 그 기간의 부여 결의는 다른 법으로 넘어갑니다.
• 공백이 이미 생겼다면, 그 기간에 예정된 부여 결의는 미루는 편이 낫습니다. 입사일에 맞춰 부여일을 잡는 관행이 여기서 손해로 돌아옵니다.
• 신규 입사자 부여를 분기마다 모아서 처리하는 회사라면, 그 분기 마감일이 확인 유효기간 안에 있는지를 한 번 봅니다.

중소기업 지위는 규모가 커지면서 잃고(중소기업 졸업 독립성 유예에서 다뤘습니다), 창업 세액감면은 최초로 소득이 난 과세연도부터 세는 5년의 감면기간이 지나면 끝납니다(창업중소기업 세액감면). 벤처 자격은 그 둘과 다릅니다. 회사가 잘되든 안되든, 아무것도 하지 않으면 3년마다 한 번씩 끊깁니다. 스톡옵션 특례가 그 지위에 매달려 있고, 부여 결의는 날짜 하나로 기록됩니다.