2026년 통합고용세액공제 개편, 직원이 줄어도 받은 세금을 토해내지 않습니다 — 스타트업이 개편보다 먼저 볼 세 가지

채용을 늘린 해에 세액공제를 받았다가, 이듬해 런웨이가 빠듯해져 몇 명을 내보낸 스타트업을 떠올려 보자. 2025년까지의 규칙이라면 이 회사는 받은 공제를 도로 게워내야 했다. 상시근로자가 줄면, 늘었을 때 받은 공제를 추징당하는 구조였기 때문이다.

채용은 원래 불확실한데, 세제는 “한 번 늘렸으면 줄이지 마라”고 못을 박은 셈이었다. 2026년 통합고용세액공제 개편이 바로 이 대목을 손본다. 다만 스타트업이 개편의 숫자를 챙기기 전에, 먼저 확인해야 할 것이 따로 있다.

추징이 사라지고, 오래 데리고 있을수록 커진다

통합고용세액공제는 상시근로자가 전년보다 늘면, 늘어난 1인당 정해진 금액을 중소·중견기업은 3년, 대기업은 2년에 걸쳐 세금에서 빼주는 제도다. 문제는 사후관리였다. 공제를 받은 뒤 상시근로자 수가 도로 줄면, 늘었을 때 받은 공제를 추징당했다. 성장이 꺾여 인력을 줄인 회사에 세금 부담이 한 번 더 얹히는 구조였다.

2026년부터 세 가지가 바뀐다. 시행은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제 연도로 신청하는 분부터이고, 적용기한은 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지다.

첫째, 추징이 폐지된다. 고용이 줄어도 이미 받은 공제를 게워내지 않는다. 대신 줄어든 인원만큼 남은 연차의 공제만 배제된다. 인력 변동이 잦은 스타트업에는 이 변화가 가장 크다. 채용을 늘리는 결정에 붙어 있던 세제 리스크가 그만큼 줄기 때문이다.

둘째, 공제액이 연차별 점증 구조로 바뀐다. 종전에는 3년 내내 같은 금액을 받았지만, 개편 후에는 1년차보다 2·3년차가 크다. 예를 들어 지방 소재 중소기업이 청년 정규직 한 명을 뽑아 3년을 유지하면, 개편안 기준으로 1년차 1,000만 원, 2년차 1,900만 원, 3년차 2,000만 원, 합계 4,900만 원이다. 종전(연 1,550만 원 × 3년 = 4,650만 원)보다 오래 유지할수록 유리해진다. 반대로 수도권은 1년차 금액이 700만 원으로 종전(1,450만 원)보다 낮아져, 짧게 쓰고 내보내는 채용에는 불리해졌다.

셋째, 최소 고용증가인원을 초과한 분만 공제한다. 중견기업 5명, 대기업 10명이 새로 붙었다(중소기업엔 이 최소 기준이 없다). 스타트업이 성장해 중견 문턱을 넘으면, 늘린 인원 중 첫 5명은 공제 대상에서 빠진다는 뜻이다.

애초에 ‘누가 잡히느냐’부터 다르다

공제는 상시근로자의 ‘증가’에 붙는다. 그런데 스타트업이 실제로 쓰는 인력의 상당수는 이 상시근로자에서 빠진다. 첫 계산이 여기서 어긋난다.

상시근로자에서 제외되는 대표적인 경우는 이렇다. 근로계약기간이 1년 미만인 계약직, 근로계약 자체가 없는 프리랜서·용역, 월평균 근로시간이 60시간 미만인 단시간 근로자, 대표이사 같은 임원, 그리고 최대주주·최대출자자와 그 배우자·직계존비속·친족이다. 근로소득세 원천징수도, 국민연금·건강보험료 납부도 확인되지 않는 사람 역시 빠진다.

마지막 항목이 스타트업에서 특히 자주 걸린다. 공동창업한 부부, 초기에 합류한 창업자의 가족은 아무리 풀타임으로 일해도 상시근로자 수에 잡히지 않는다. “열 명을 늘렸는데 공제되는 증가 인원은 네 명”인 상황이 드물지 않은 이유다. 개발 외주를 프리랜서로 돌리고 단기 계약직을 많이 쓰는 팀일수록 격차가 커진다.

우대 공제는 조건이 하나 더 붙는다. 청년(15~34세, 병역 기간은 최대 6년까지 나이에서 빼준다) 등에 대한 우대는 그 청년이 ‘정규직’일 때만 적용된다. 같은 청년이라도 계약직으로 뽑으면 우대가 아니라 기본 공제 대상이다. 채용 형태 하나가 1인당 공제액을 몇 배로 가른다.

받을 수 있다고 다 받는 게 아니다 — 택일과 이월

스타트업이 자주 헛짚는 또 한 곳이 창업감면과의 관계다. 2024년까지 창업한 기업은 창업중소기업 세액감면을 받으면서 통합고용세액공제도 함께 받을 수 있었다. 하지만 2025년 1월 1일 이후 창업한 기업부터는 이 둘이 택일 관계다. 같은 해에 하나만 골라야 한다. 창업 초기라 감면율(수도권 밖 100%)이 큰 회사는 감면이, 감면 기간이 끝나가거나 채용이 많은 회사는 고용공제가 유리할 수 있다. 어느 쪽이 큰지는 그해 산출세액과 채용 규모를 넣어 계산해봐야 안다. “창업감면도 받고 고용공제도 받는다”를 전제로 깔면 안 된다.

다음은 적자일 때다. 세액공제는 낼 세금이 있어야 깎는다. 적자라 산출세액이 0이면 그해에는 받을 게 없다. 그렇다고 사라지지는 않는다. 통합고용세액공제는 그해 못 받은 분을 10년간 이월한다. 최저한세에 걸려 그해 다 빼지 못한 분도 마찬가지로 이월된다. R&D 세액공제와 같은 이월 구조다. 그래서 “적자라서 못 받는다”가 아니라 “적자면 미뤄뒀다 흑자 전환 첫해에 쓴다”가 정확하다.

이 지점에서 이월결손금과 층이 겹친다. 흑자 전환 첫해에 이월결손금은 과세표준을 깎고, 이월된 세액공제는 그렇게 계산된 산출세액을 다시 깎는다. 둘이 같은 해에 몰리면, 최저한세 한도 안에서 무엇을 먼저 태우고 무엇을 다음 해로 넘길지가 그해 현금흐름과 이월 잔액을 가른다. 채용과 감면과 결손금이 겹치는 스타트업일수록, 신고 전에 이 순서를 미리 짜두는 편이 낫다.

2026년 개편으로 ‘채용했다 줄이면 추징’의 공포는 사라졌다. 그러나 스타트업의 실제 공제액을 가르는 건 개편이 아니라, 누가 상시근로자로 잡히는가·창업감면과 무엇을 택할까·적자면 언제 이월해 쓸까라는 세 판단이다.

개편은 채용에 붙어 있던 세제 리스크를 낮췄다. 하지만 통합고용세액공제는 여전히 사람을 뽑았다고 자동으로 꽂히는 보조금이 아니다. 상시근로자의 정의, 창업감면과의 택일, 최저한세와 이월 순서 — 이 셋은 개편과 상관없이 그대로다. 채용 계획을 세울 때 재무팀이 먼저 볼 것은 공제액 표가 아니라, 그 표에 넣을 ‘우리 인원’이 실제로 몇 명인지다.