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세제지원이 기업의 성장단계를 바꾸는 시대,
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사업단계별 중소기업 세제지원 총정리
창업부터 구조조정까지, 기업 생애주기별 세금혜택 한눈에 보기
기업의 성장 과정은 창업 → 투자 → 사업 → 고용 → 구조조정의 단계를 거칩니다.
정부는 각 단계별로 법인세·소득세 감면, 세액공제, 지방이전 인센티브 등 다양한 혜택을 제공합니다.
이번 글에서는 중소기업이 실제로 활용할 수 있는 주요 세제지원 제도를 단계별로 정리했습니다.
창업단계 지원
창업중소기업 세액감면 (조특법 §6)
대상: 제조·정보통신·지식서비스업 등 신규 창업 중소기업
기간: 창업 후 5년간 (수도권 외 50% 등)
유의: 기존 사업장 이전·폐업 후 재창업은 감면 불가
위기지역 창업기업 감면 (조특법 §99의9)
대상: 산업위기대응특별지역 내 창업기업
혜택: 최초 5년간 법인세 100% 감면, 이후 2년간 50%
창업자금 증여세 특례 (조특법 §30의5)
대상: 부모가 18세 이상 자녀에게 창업자금을 증여한 경우
혜택: 50억 원 한도 내 10% 세율
유의: 창업 후 10년 내 실제 사업운영이 확인되어야 함
투자 및 자금조달단계 지원
연구개발비 세액공제 (조특법 §10)
대상: 연구개발 전담부서 또는 R&D 투자기업
공제율: 일반 25%, 신성장·원천기술 최대 50%
유의: 과세연도 내 실제 비용 지출분만 인정
통합투자세액공제 (조특법 §24)
대상: 기계·설비 등 사업용 자산에 투자하는 기업
혜택 (기본): 전체 투자금액의 10% (중소기업 기준) 세액공제
혜택 (추가): 3년 평균 투자액 초과분의 3% 추가 공제
유의: 법인세(소득세) 신고 시 세액공제신청서 및 투자자산명세서 제출 필수
벤처기업 및 조합 투자 소득공제 (조특법 §16)
대상: 벤처기업, 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 등에 투자
혜택: 투자 유형에 따라 10% 또는 100%~30% 차등 소득공제
유의: 투자 후 3년 이상 보유 조건 필요
사업단계 지원
중소기업 특별세액감면 (조특법 §7)
대상: 제조·도소매·서비스업 등 중소기업
혜택: 업종별로 5~30% 법인세 감면
유의: 수도권 과밀억제권역 내 기업은 비수도권 기업보다 낮은 감면율이 적용
기술이전·대여 소득 세액감면 (조특법 §12)
대상: 직접 개발한 특허권, 실용신안권, 기술비법(노하우) 등을 이전·대여하는 중소기업
혜택: 해당 기술이전·대여로 발생한 ‘소득’에 대하여 계산된 법인세(소득세)의 50%를 감면
유의: 기술이전 소득을 다른 소득과 별도로 구분하여 회계 처리(구분 경리) 필요
외국기술자 소득세 감면 (조특법 §18)
대상: 엔지니어링 기술 도입 계약에 따라 기술을 제공하거나, 특정 연구개발 시설 등에서 근무하는 요건을 갖춘 외국인 기술자
혜택: 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 10년간 발생한 근로소득세의 50%를 감면
유의: 감면 신청서를 원천징수의무자(회사)에게 제출해야 함
고용창출 및 유지단계 지원
통합고용세액공제 (조특법 §29의8)
대상: 고용을 늘리거나 정규직 전환, 또는 육아휴직 복귀자를 고용한 기업
혜택: 고용 증가, 정규직 전환, 육아휴직 복귀 인원 1인당 금액을 세액공제
유의: 공제 후 2년 내 고용이 감소하거나 해당 근로자 퇴사 시 공제액 추징
근로소득 증대 세액공제 (조특법 §29의4)
대상: 해당 연도 ‘평균임금 증가율’이 ‘직전 3년 평균임금 증가율’을 초과한 중소·중견기업
혜택: 초과 임금증가분의 10%(중견) 또는 20%(중소) 세액공제
유의: 상시근로자 수가 직전연도보다 감소하지 않아야 함
사회보험료 세액공제 (조특법 §30의4)
대상: 청년 등 상시근로자 수가 직전연도 대비 증가한 중소기업
혜택: 고용 증가 인원에 대한 사회보험료 사용자 부담금의 50%~100% 세액공제
유의: 공제 후 1년 내 고용 감축 시 공제액 추징
지방이전 및 공장 이전 지원
수도권 밖 이전 감면 (조특법 §63)
대상: 수도권 과밀억제권역 공장을 지방으로 이전하는 중소기업
혜택: 이전 지역에 따라 5~10년간 100%, 이후 2~3년간 50% 법인세(소득세) 감면
유의: 이전 후 최소 3년 이상 사업유지 필요
중소기업 공장이전 과세특례 (조특법 §85의8)
대상: 2년 이상 사업한 중소기업이 공장을 이전(타 지역 또는 동일 산업단지 내)하며 기존 공장을 양도한 경우
혜택: 기존 공장 양도차익에 대한 세금 납부를 미뤄주는 ‘과세이연’
유의: 3년 내 사업을 폐업하거나 공장을 이전하지 않으면 이연받은 세액 추징
기업도시개발구역 내 창업기업 감면 (조특법 §121의17)
대상: 기업도시 내 신설창업기업
혜택: 3년간 100%, 이후 2년간 50% 법인세 감면
기타 조세지원
업무추진비 손금인정 확대 (법인세법 §25)
대상: 중소기업
혜택: 기본 3,600만 원 + 수입금액 일정비율 손금 인정
중소기업 대손금 특례규정 (법인세법 시행령 §19의2)
대상: 중소기업의 외상매출금 또는 미수금
혜택: 부도 발생 6개월 경과 또는 회수기일 2년 경과 시 외상매출금 등 대손 처리 가능
유의: 일반 법인의 부도 건 및 특수관계인과의 거래로 발생한 채권은 이 특례에서 제외됨
해외현지법인 주재원 인건비 손금산입 (법인세법 시행령 §19)
대상: 중소·중견기업이 100% 출자한 해외현지법인에 주재원을 파견한 경우
혜택: 파견 주재원에게 지급한 인건비를 손금(비용)으로 인정
유의: 국내 모회사가 지급한 인건비가 총 인건비(현지법인 지급분 포함)의 50% 미만이어야 함
원천징수세액 반기납부 특례 (소득세법 § 128 ②)
대상: 직전연도 월평균 상시 고용인원이 20인 이하인 원천징수의무자
혜택: 원천징수세액을 매월이 아닌, 반기별로(반기 마지막 달의 다음 달 10일까지) 납부 가능
유의: 관할 세무서장으로부터 ‘반기별 납부’ 승인을 받아야 함
전통주 제조업체 세율 경감 (주세법 §8)
대상: 전통주 제조업체
혜택: 직전 연도 출고실적 500kl 이하 전통주 제조자에 대해 주세 50% 경감
재무개선 및 구조조정단계 지원
중소기업간 통합 세제지원 (조특법 §31, 지특법 §57의2)
대상: 법령 요건을 갖춰 통합(합병)하는 중소기업
혜택: 양도세 이월과세, 취득세 50% 경감 및 기존 세액감면 기간 승계
유의: 통합 후 5년 이내 사업 폐지 등 사유 발생 시 감면세액 추징
법인전환에 대한 세제지원 (조특법 §32, 지특법 §57의2)
대상: 사업용고정자산을 현물출자 또는 사업양수도 방식으로 법인전환하는 개인사업자
혜택: 개인은 양도소득세 이월과세를 적용받고, 신설 법인은 해당 자산 취득세 50% 경감
유의: 주택 등은 혜택에서 제외되며, 5년 내 사업 폐지 등 사유 발생 시 이월세액 추징


