세무 자문을 받고 있는 중소기업 대표와 회계사

사업단계별 중소기업 세제지원 총정리

우리는 숫자에 전략을 입힙니다.
세제지원이 기업의 성장단계를 바꾸는 시대,
대표님의 절세와 재무안정을 설계하는 파트너 바인드입니다.

세무 자문을 받고 있는 중소기업 대표와 회계사

사업단계별 중소기업 세제지원 총정리

창업부터 구조조정까지, 기업 생애주기별 세금혜택 한눈에 보기

기업의 성장 과정은 창업 → 투자 → 사업 → 고용 → 구조조정의 단계를 거칩니다.
정부는 각 단계별로 법인세·소득세 감면, 세액공제, 지방이전 인센티브 등 다양한 혜택을 제공합니다.
이번 글에서는 중소기업이 실제로 활용할 수 있는 주요 세제지원 제도를 단계별로 정리했습니다.

창업단계 지원

창업중소기업 세액감면 (조특법 §6)
대상: 제조·정보통신·지식서비스업 등 신규 창업 중소기업
기간: 창업 후 5년간 (수도권 외 50% 등)
유의: 기존 사업장 이전·폐업 후 재창업은 감면 불가
위기지역 창업기업 감면 (조특법 §99의9)
대상: 산업위기대응특별지역 내 창업기업
혜택: 최초 5년간 법인세 100% 감면, 이후 2년간 50%
창업자금 증여세 특례 (조특법 §30의5)
대상: 부모가 18세 이상 자녀에게 창업자금을 증여한 경우
혜택: 50억 원 한도 내 10% 세율
유의: 창업 후 10년 내 실제 사업운영이 확인되어야 함

투자 및 자금조달단계 지원

연구개발비 세액공제 (조특법 §10)
대상: 연구개발 전담부서 또는 R&D 투자기업
공제율: 일반 25%, 신성장·원천기술 최대 50%
유의: 과세연도 내 실제 비용 지출분만 인정
통합투자세액공제 (조특법 §24)
대상: 기계·설비 등 사업용 자산에 투자하는 기업
혜택 (기본): 전체 투자금액의 10% (중소기업 기준) 세액공제
혜택 (추가): 3년 평균 투자액 초과분의 3% 추가 공제
유의: 법인세(소득세) 신고 시 세액공제신청서 및 투자자산명세서 제출 필수
벤처기업 및 조합 투자 소득공제 (조특법 §16)
대상: 벤처기업, 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 등에 투자
혜택: 투자 유형에 따라 10% 또는 100%~30% 차등 소득공제
유의: 투자 후 3년 이상 보유 조건 필요

사업단계 지원

중소기업 특별세액감면 (조특법 §7)
대상: 제조·도소매·서비스업 등 중소기업
혜택: 업종별로 5~30% 법인세 감면
유의: 수도권 과밀억제권역 내 기업은 비수도권 기업보다 낮은 감면율이 적용
기술이전·대여 소득 세액감면 (조특법 §12)
대상: 직접 개발한 특허권, 실용신안권, 기술비법(노하우) 등을 이전·대여하는 중소기업
혜택: 해당 기술이전·대여로 발생한 ‘소득’에 대하여 계산된 법인세(소득세)의 50%를 감면
유의: 기술이전 소득을 다른 소득과 별도로 구분하여 회계 처리(구분 경리) 필요
외국기술자 소득세 감면 (조특법 §18)
대상: 엔지니어링 기술 도입 계약에 따라 기술을 제공하거나, 특정 연구개발 시설 등에서 근무하는 요건을 갖춘 외국인 기술자
혜택: 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 10년간 발생한 근로소득세의 50%를 감면
유의: 감면 신청서를 원천징수의무자(회사)에게 제출해야 함

고용창출 및 유지단계 지원

통합고용세액공제 (조특법 §29의8)
대상: 고용을 늘리거나 정규직 전환, 또는 육아휴직 복귀자를 고용한 기업
혜택: 고용 증가, 정규직 전환, 육아휴직 복귀 인원 1인당 금액을 세액공제
유의: 공제 후 2년 내 고용이 감소하거나 해당 근로자 퇴사 시 공제액 추징
근로소득 증대 세액공제 (조특법 §29의4)
대상: 해당 연도 ‘평균임금 증가율’이 ‘직전 3년 평균임금 증가율’을 초과한 중소·중견기업
혜택: 초과 임금증가분의 10%(중견) 또는 20%(중소) 세액공제
유의: 상시근로자 수가 직전연도보다 감소하지 않아야 함
사회보험료 세액공제 (조특법 §30의4)
대상: 청년 등 상시근로자 수가 직전연도 대비 증가한 중소기업
혜택: 고용 증가 인원에 대한 사회보험료 사용자 부담금의 50%~100% 세액공제
유의: 공제 후 1년 내 고용 감축 시 공제액 추징

지방이전 및 공장 이전 지원

수도권 밖 이전 감면 (조특법 §63)
대상: 수도권 과밀억제권역 공장을 지방으로 이전하는 중소기업
혜택: 이전 지역에 따라 5~10년간 100%, 이후 2~3년간 50% 법인세(소득세) 감면
유의: 이전 후 최소 3년 이상 사업유지 필요
중소기업 공장이전 과세특례 (조특법 §85의8)
대상: 2년 이상 사업한 중소기업이 공장을 이전(타 지역 또는 동일 산업단지 내)하며 기존 공장을 양도한 경우
혜택: 기존 공장 양도차익에 대한 세금 납부를 미뤄주는 ‘과세이연’
유의: 3년 내 사업을 폐업하거나 공장을 이전하지 않으면 이연받은 세액 추징
기업도시개발구역 내 창업기업 감면 (조특법 §121의17)
대상: 기업도시 내 신설창업기업
혜택: 3년간 100%, 이후 2년간 50% 법인세 감면

기타 조세지원

업무추진비 손금인정 확대 (법인세법 §25)
대상: 중소기업
혜택: 기본 3,600만 원 + 수입금액 일정비율 손금 인정
중소기업 대손금 특례규정 (법인세법 시행령 §19의2)
대상: 중소기업의 외상매출금 또는 미수금
혜택: 부도 발생 6개월 경과 또는 회수기일 2년 경과 시 외상매출금 등 대손 처리 가능
유의: 일반 법인의 부도 건 및 특수관계인과의 거래로 발생한 채권은 이 특례에서 제외됨
해외현지법인 주재원 인건비 손금산입 (법인세법 시행령 §19)
대상: 중소·중견기업이 100% 출자한 해외현지법인에 주재원을 파견한 경우
혜택: 파견 주재원에게 지급한 인건비를 손금(비용)으로 인정
유의: 국내 모회사가 지급한 인건비가 총 인건비(현지법인 지급분 포함)의 50% 미만이어야 함
원천징수세액 반기납부 특례 (소득세법 § 128 ②)
대상: 직전연도 월평균 상시 고용인원이 20인 이하인 원천징수의무자
혜택: 원천징수세액을 매월이 아닌, 반기별로(반기 마지막 달의 다음 달 10일까지) 납부 가능
유의: 관할 세무서장으로부터 ‘반기별 납부’ 승인을 받아야 함
전통주 제조업체 세율 경감 (주세법 §8)
대상: 전통주 제조업체
혜택: 직전 연도 출고실적 500kl 이하 전통주 제조자에 대해 주세 50% 경감

재무개선 및 구조조정단계 지원

중소기업간 통합 세제지원 (조특법 §31, 지특법 §57의2)
대상: 법령 요건을 갖춰 통합(합병)하는 중소기업
혜택: 양도세 이월과세, 취득세 50% 경감 및 기존 세액감면 기간 승계
유의: 통합 후 5년 이내 사업 폐지 등 사유 발생 시 감면세액 추징
법인전환에 대한 세제지원 (조특법 §32, 지특법 §57의2)
대상: 사업용고정자산을 현물출자 또는 사업양수도 방식으로 법인전환하는 개인사업자
혜택: 개인은 양도소득세 이월과세를 적용받고, 신설 법인은 해당 자산 취득세 50% 경감
유의: 주택 등은 혜택에서 제외되며, 5년 내 사업 폐지 등 사유 발생 시 이월세액 추징

마무리 – 단계별 전략이 세금을 줄입니다

세제지원은 ‘신청 시기’와 ‘요건 충족 여부’가 모든 것을 결정합니다.
창업 시기, 지역, 고용형태, 투자유형에 따라 감면율이 달라지므로
사전에 회계·세무 전문가와 검토하는 것이 가장 확실한 절세 전략입니다.

바인드회계세무
창업 초기부터 투자유치, 사업확장, 구조조정까지
기업 생애주기별 세제전략을 설계합니다.

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